在提高了信息資源的利用率的同時，也為會計信息系統帶來了較大的風險。
首先，由於信息技術化的會計信息處理與儲存手段，導致的財務信息失真與丟失的風險。由於會計信息系統對財務會計數據處理的集中化，導致錯誤的重復出現性；由於財務信息的統壹處理與儲存而導致的財務信息風險增加；由於財務處理軟件的不夠智能性，導致無法識別不合理業務等。其次，由於信息化會計信息系統對授權制度的弱化，導致組織控制能力的削弱等。
應對措施：積極防範會計信息失真的風險。加強會計信息系統的操作控制、系統開發控制以及內部審計。系統的操作控制主要是指制定和執行各種操作標準，主要內容為完善機房管理制度，規範上機人員的資格驗證，建立系統的上機人員記錄日誌。