1997年4月，根據國務院和財政部的部署，經上海市人民政府批準，上海市註冊會計師協會召開專題會議(暨第三次會員代表大會)，上海市註冊會計師協會與上海市社會審計學會實現聯盟，標誌著本市社會審計工作進入了壹個新的歷史階段。
2012年7月18日，協會召開第六次會員代表大會。
協會接受上海市社會團體管理局的監督管理、上海市財政局的監督指導和中國註冊會計師協會的指導。
根據章程，協會會員分為單位會員和個人會員(分為執業會員和非執業會員)。依法批準的會計師事務所是本協會會員。截至2018年末，協會擁有法人會員343家，個人會員31019家，其中執業會員6568家，非執業會員24451家。