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對同壹應稅憑證有不同項目的，應分別適用對應稅率，項目或金額不能分清的，從高適用稅率征收印花稅。顯然，貨運合同和倉儲保管合同稅率高的是後者，因為合同兩項金額不能分清，所以適用高項目的稅率。不僅僅是印花稅，其它稅種也是壹樣的。
中華人民***和國印花稅暫行條例施行細則
第十七條 同壹憑證，因載有兩個或者兩個以上經濟事項而適用不同稅目稅率，如分別記載金額的，應分別計算應納稅額，相加後按合計稅額貼花；如未分別記載金額的，按稅率高的計稅貼花。
某企業與甲廠簽訂貨物運輸合同，合同所載運輸費用和倉儲保管費合計60萬元，這裏60萬元沒有分別記載運輸和倉儲的金額，因此從高按照倉儲保管合同的1%來算（貨物運輸合同的稅率是萬分之五，比倉儲保管合同低）。
作為非物流企業，與物流公司簽訂的保管協議保管費壹般計入管理費用，作為銷售方運輸合同的運輸費用計入到銷售費用，而作為購買方，運輸合同的運輸費用計入產品成本，合同中產生的增值稅計入應交稅費——應交增值稅（進項稅），合同產生的印花費計入管理費用。
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