●辦公室（政策法規科）
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責處理、協調機關日常政務；負責擬訂年度工作計劃、總結，制定有關工作制度；負責起草和審核有關文件和報告講話稿等文秘事務；負責機關文電、機要、檔案、督辦、信訪、保密、密碼、辦公自動化應用與管理等工作；負責日常會務安排、對外接待聯絡和機關後勤保障的協調工作；承擔面向社會的稅收宣傳、法制宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；負責“上海財稅”子網站運行和維護工作；負責公務網網站的運行和管理；辦理人大代表書面意見和政協提案的有關事項；承擔有關文件的合法性審核工作，負責行政聽證、行政復議、行政應訴等行政執法管理工作；負責本單位安全保衛工作；負責起草和審核本機關《地方誌》和《年鑒》工作；負責本單位除信息化設備以外的固定資產實物管理；負責本單位基本建設項目具體實施；負責法制報表的統計等工作；牽頭組織反補貼案件調查、應對工作。管理其他行政事務。
●貨物和勞務稅科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。組織實施與貨物和勞務稅、財產行為稅相關稅（費）種、基金的征收管理工作。負責管轄範圍內的相關稅收（費）、基金政策執行中具體業務問題的解答、處理；負責分管稅（費）種、基金減免管理；負責分管稅（費）種、基金的稅源管理、稅基管理；負責有關稅（費）種、基金的日常管理，指導有關稅（費）種、基金的日常檢查；參與相關稅種納稅評估指標體系建立、預警指標制定；參與分管稅（費）種、基金的政策研究，提出改進和完善相關稅收制度、政策的建議；參與分管稅（費）種、基金的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
負責做好管轄範圍內的進出口貿易稅收政策及管理辦法的貫徹落實工作；負責出口貨物退免稅認定、申報、審核、審批和退稅資料管理等工作；參與編制年度出口貨物退（免）稅計劃；負責退稅指標管理；負責對所轄出口企業開展出口退稅預警分析和評估管理；負責有關進出口稅收工作的日常管理、日常檢查；負責相關稅收政策執行中壹般性問題的解釋、處理。
牽頭負責稅收政策執行情況反饋工作。
●所得稅科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。組織實施管轄範圍內與企業所得稅、個人所得稅相關稅（費）等征收管理工作；負責相關稅收政策執行中具體業務問題的解答、處理；落實相關調研工作；負責相關稅種稅收減免管理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等工作；負責有關稅種的日常管理，指導有關稅種的日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作；負責稅收政策執行情況反饋工作。
承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的具體執行工作；組織實施稅收情報交換和特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題。
●收入核算科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責管轄範圍內稅收收入預測、稅收收入能力估算；牽頭編制與分配年度稅收計劃、免抵調庫計劃；負責免抵調庫指標的申請；做好欠稅管理中會計核算工作。負責監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測工作，檢查、分析稅收計劃的執行情況，負責匯總分析稅收會計、統計信息數據；負責稅收核算及相關指標體系的建設；負責重點稅源監控管理工作，確定重點稅源標準和對象，定期審核匯總和分析重點稅源數據；負責稅收計劃、會計、統計、票證管理制度的制定、管理與貫徹執行；負責稅收調查的組織、資料的匯總與分析上報；負責本單位稅務代保管資金賬簿設置、科目使用及核算方法；負責對稅收收入特點及成因進行全面分析；負責“三代”手續費審核管理。
●納稅服務科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。完善納稅服務體系和服務平臺功能。組織、協調和指導各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；負責辦稅服務廳建設、建立12366遠程稅務咨詢熱線；組織實施納稅服務的工作規範、操作規程、政策宣傳、納稅咨詢、納稅輔導、辦稅服務、權益保護、信用管理、社會協作、稅收法律救濟等工作；按照要求加強對納稅人呼聲的收集和分析，梳理、督辦納稅人訴求，為納稅人提供針對性和差異化的納稅服務；受理並處理納稅人涉稅服務投訴；實施稅收爭議的調解。組織指導本單位所轄的大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作。
●征收管理科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責管轄範圍內稅務登記、納稅申報、增值稅發票和普通發票管理、防偽稅控系統應用和維護管理及“壹窗式”數據比對、稅收征管報表的編制和稅收征管質量考核等工作；負責落實個體工商戶和集貿市場的征收管理；負責落實稅控器具的推廣應用、維護管理和數據比對；牽頭負責稅收征收管理模式調研和組織實施工作；牽頭負責落實稅收分析、納稅評估、稅務稽查和稅源監控“四位壹體”聯動機制，牽頭組織開展納稅評估工作；牽頭負責稅收征管狀況分析監控工作；組織落實第三方信息***享和分析利用工作；牽頭負責確定綜合征管系統功能優化需求、二次開發業務需求；負責組織欠稅的清理、催繳工作；負責發票倉庫管理工作；負責社會性協稅護稅工作；負責對委托代征單位的監管；負責日常檢查工作管理及與相關稽查局稽查工作的協調和聯絡。
●信息技術科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責擬訂稅收信息化建設工作方案；制定信息化建設相關管理、監督制度，保障信息系統安全正常運行；負責信息數據處理；配合業務部門做好信息數據分析利用工作；配合有關部門，組織實施各類信息系統的應用和技術培訓；負責各類信息系統和網絡設備兩級運維管理工作；負責編制、審核信息化專項經費，並對設備、軟件配置提出建議；負責信息化設備的驗收、入庫、調撥等固定資產實物管理工作，並對信息化設備的處理提出建議。
●財務管理科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責財務管理、政府采購管理工作。制定各項財務管理制度；負責匯編預決算草案；負責會計核算工作；負責銀行賬戶的開立、變更、撤消、年檢工作；負責車輛編制管理、報廢和更新工作；負責國有資產年報、產權年檢工作；負責基本建設項目財務管理工作；負責擬訂年度政府采購計劃並組織實施;負責稅務代保管資金、“三代”手續費會計核算工作;負責預算執行、資金管理的日常事務工作;負責非稅收入管理工作；負責做好稅務制服制作前後相關事務工作；負責固定資產資金賬管理。接受委托，核算工會賬、黨團經費賬、學會帳和食堂帳。
●人事教育科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。組織落實幹部人事制度及人才隊伍建設規劃，擬訂的具體實施方案；制定幹部人事管理制度；承擔人事、機構編制的管理工作；承擔科級領導班子建設和幹部的任免事項；承擔權限範圍內的幹部和科級後備幹部的管理、考核、監督等工作；承擔權限範圍內的幹部調配、獎勵、處分、考核、任免、監督及人事信息統計工作；承擔工資福利、人事檔案、專業技術職務等管理工作；負責牽頭行政信用等級評定工作及目標管理考核工作；負責受理幹部對涉及本人的人事處理不服的復核申請。
擬訂教育培訓的工作規劃、年度計劃及制定培訓工作、考核評估等各項管理制度；負責組織、落實人員的教育培訓工作。
承擔離退休幹部的服務和管理工作。
●監察室
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查科所領導班子及其成員貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；組織廉政教育和廉政文化建設；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
組織實施各部門對稅收法律法規、部門規章及上級規範性文件執行情況的監督檢查；組織落實稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度，承擔稅收執法質量考核工作；負責牽頭接受上級的巡視檢查和內部審計，督促糾正在巡視及督察內審中發現的問題並監督整改。
●機關黨委辦公室
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責黨群工作。宣傳和執行黨的路線、方針、政策，貫徹落實上級組織和本級組織的決議，擬訂黨建工作計劃，落實黨建工作日常事務；負責落實黨組中心組學習和本單位的政治理論學習；加強基層黨組織建設；加強黨員隊伍教育和管理工作；負責對入黨積極分子進行教育、培養和考察，管理黨員發展工作；承擔統戰工作。
承擔思想政治工作、精神文明建設和稅務文化建設；擬定工作計劃、辦法，制定相關制度並組織實施、檢查、指導和評估；負責指導機關工會、***青團、婦委會有關工作。
稽查局內設機構主要職責
●綜合科（舉報中心）
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責管轄範圍內稅務稽查選案等工作。具體負責擬訂稅務稽查工作計劃，匯總上報工作總結和相關統計報表；根據稽查工作規程規定進行選案，確定稽查對象，下達稽查任務；負責稽查案件立案審批；負責稽查工作的組織實施，以及稅務稽查實施稅收保全、稅收強制措施的審批；負責稽查的行政執法文書管理和舉報獎勵的審批、發放和管理；負責上級交辦及系統外有關案件的協查工作；監督和跟蹤管理案件審理後的執行情況；受理、處理和管理其他部門轉辦的涉稅案件和稅收違法案件的舉報。
●案件審理科
在上級相關職能部門的要求和指導下開展本單位各項工作。負責對管轄範圍內稅務違法案件檢查情況進行審理；向司法機關移送有關涉嫌犯罪案件，進行稅務核定；負責對稅收政策執行檢查情況進行審理；負責對稅收執法檢查情況進行審理；負責對稅收征管質量檢查情況和稅務案件抽復查情況進行審理；負責反饋稅務稽查和對口單位內部執法檢查的審理情況；負責對違法違紀案件進行分析，提出整改建議並交有關單位執行。