高新技術企業認定工作采取“國家高新技術企業認定管理網”註冊、上海市“壹網辦”平臺網上提交材料、企業申請材料形式審查、專家網上評審、認定公示後提交書面材料等方式進行。
1.企業自我評價:企業根據上述認定條件進行自我評價。
2.註冊:經自評符合資格的企業，根據以下不同情況開展相關工作:
1)2008年以來從未註冊的企業，登錄“全國高新技術企業認定管理工作網”，按要求填寫《企業登記表》，網上提交。
2)自2008年起在“國家高新技術企業認定管理工作網”註冊的企業，可直接在上海“壹網辦”平臺申請。有效期內如遇高更名，需在“國家高新技術企業認定管理網”上提交高新技術企業更名申請，經市認定辦受理並同步數據後，方可參加重新認定。
3.在線提交材料:
參加高新技術企業認定的申請人應當統壹填寫高新技術企業認定申請表。填寫方式:在上海“壹網通辦”平臺輸入“按部門->；“上海市科學技術委員會”->；“高新技術企業認定”->；“立即處理”->；“身份識別”，使用“法人壹卡通USB”
key”(u盤中的信息必須保持最新)，登錄並填寫高新技術企業認定申請書，通過網絡系統提交以下申請材料:
1)高新技術企業認定申請書(申請書網上提交，打印，法定代表人簽字，加蓋企業公章，彩色掃描，上傳附件-其他證明材料)；
2)知識產權相關材料
知識產權證書(授權發明專利、實用新型、外觀設計、軟件著作權、集成電路布圖設計、植物新品種申報制度可直接認定，企業無需上傳證書；新藥證書等其他知識產權需上傳相關證書或授權通知及付款收據)和反映技術水平的證明材料，參與標準的制定；
科研項目立項證明(已驗收或結題的項目需提供驗收或結題報告)；
研發組織與管理(總體情況和四項指標的具體說明)等相關材料；
(三)企業高新技術產品(服務)關鍵技術和技術指標的具體說明、相關生產批準文件、認證認可、資質證書、產品質量檢驗報告等材料；
(四)由符合本工作指引相關條件的合格中介機構出具的最近三個會計年度(實際使用年限不足三年的，下同)高新技術產品(服務)研發費用和收入的專項審計或鑒證報告，並附研發活動、研發費用核算和輔助核算的說明材料；
5)財務會計報告(包括會計報表、會計報表附註等。)經有資質的中介機構核實的企業最近三個會計年度的財務狀況；
(六)最近三個會計年度的企業所得稅年度納稅申報表(包括主表和附表)。
對於涉密企業，應對認定高新技術企業的申請材料進行解密，確保涉密信息安全。
企業嚴格按照以下標準(相關信息可參考其行業協會的公開信息)，選擇會計師事務所或稅務師事務所等中介機構對高新技術產品(及服務)的研發費用和收入進行專項審計。
(1)具有獨立執業資格，成立三年以上，最近三年無不良記錄。
(2)當年承擔認證工作的註冊會計師或稅務師人數占年平均月從業人數的比例不低於30%，且年平均月從業人數在20人以上。
(3)相關人員應具有良好的職業道德，了解國家科技、經濟和產業政策，熟悉高新技術企業認定的相關要求。
凡符合上述條件並為本市企業出具相關專項審計報告的會計師事務所、稅務師事務所等，在提交專項審計報告的同時，應提交中國營業執照(復印件)、執業證書復印件、全年平均從業人數、註冊會計師人數等相關證明材料，並在《申請認可附表》中填寫審計師證書編號等信息。
4.驗收和審查
申請企業網上正式提交後，區科委即可受理，待申請材料齊全、真實後即可完成網上受理工作。區科委經區高新技術企業審核領導小組授權後受理申報材料，將企業申報材料按技術領域進行分類，並組織相關專家進行網上評審。
5.確認和備案
專家評審結束後，區高新技術企業審核領導小組將結合專家組的評審意見(視情況對部分企業進行實地核查)，對申請企業的申報材料進行全面審核，並提出初步審核意見。
審核意見由區高新技術企業審核領導小組報市認證辦備案。對符合條件的申請人，上海市高新技術企業認定指導小組審定後予以公示，並報國家高新技術企業認定領導小組辦公室正式備案。
6.公告
經認定並上報備案的企業名單在“上海科技”和“高新技術企業認定管理網”公示10個工作日。公示無異議的，經備案並經國家高新技術企業認定領導小組辦公室批準後，由市認定指導小組公布高新技術企業名單，並向通過的企業頒發統壹印制的《高新技術企業證書》(加蓋市科委、市財政局、市稅務局印章)， 且認定時間以國家公示時間為準，通過的企業名單將在上海科技網和高新技術企業認定管理網上公布。
對公示有異議的企業，須以書面形式向區高新技術企業審核領導小組提出復核意見，由區高新技術企業審核領導小組和市認定辦共同組織核實處理工作。
7.離線提交書面材料
在核準企業文件公布後10個工作日內，將高新技術企業認定申請書及其相關附件裝訂成冊(電子文本與書面文本壹致)並向區政務服務中心提交完整的書面申請材料。
8.事後監督
市認定辦公室根據《高新技術企業認定管理辦法》，會同審計機構按壹定比例對高新技術企業進行抽查和專項檢查。