截至2016年3月，學校設有9個二級學院，40個專業，其中石油化工生產技術和健康管理為“3+2”本科專業。
學校現設有二級學院
航海學院
航海學院2010年11月經上級主管部門批準建立，學院分別設有航海技術、輪機工程技術、國際郵輪乘務三個專業，學制三年，專職專業教師48人，兼職教師18人，其中雙師型教師達90%以上，三年在校全日學生2300多人。為適應國民經濟建設、國防建設和科技發展的需要，航海學院不斷深化專業內容、課程設置和課程體系的改革，堅持走‘理論結合實踐’之路，在保持專業特色的基礎上不斷深化專業內涵建設。海科院航海學院是海上交通運輸領域船員教育11規則標準學院。航海實驗實訓教學中心實行校院***同管理，是以航海實驗實訓為主，覆蓋多學科、多專業的綜合性實驗實訓教學中心。中心的教學組織、儀器設備管理和實驗隊伍建設等工作均按照ISO9001質量管理體系文件要求進行，並接受DNV（挪威船級社）和國家海事局的審核。目前，中心主要面向專科生、高級船員培訓班學員、非航海類專業高級船員培訓班學員、單招統招生、繼續教育專科生和普通船員5個層次的航海類專業學生，學院嚴格按照《國際航行船舶船員專業英語考試和發證辦法》對學生組織實施英語教學，培養符合國際航行船舶船員要求的專業人才
信息工程學院
信息工程學院創建於2008年，是我校成立最早的院系之壹。根據學校服務地方和培養應用型人才的辦學定位，學院不斷調整專業設置，加強課程建設，深化教學改革。學院由原來1個專業發展到現在的4個專業，課程也由原來的1門校級精品課程發展到現在的5門校級精品課程。現建有校級計算機實驗教學示範中心、移動通信技術（研究）中心、網絡與信息安全技術（研究）中心等教學和科研機構，這對我院今後學科發展和專業設置調整創造了良好的基礎。目前我院專業結構與布局基本合理，與國際旅遊島IT主導行業需求緊密對接，在校級重點專業和重點學科支撐下，教學條件得到逐步改善，教學質量得以穩步提升，學科和專業發展逐漸進入良性軌道。
經濟管理學院
國際旅遊與經濟管理學院是2010年8月由原經管學院、外語學院、物流學院按專業群整合而成的二級學院。學院現有工商企業管理、市場營銷、會計、旅遊管理、酒店管理、物流管理、報關與國際貨運七個專業。學院設有旅遊教研室、財經教研室，由教學管理經驗豐富的專家和教授擔任教研室主任。學院籌建了現代物流開放性實訓中心、會計電算化實訓室、會計手工做賬實訓室、導遊技能實訓室、ERP沙盤實訓室、酒店客房與餐飲實訓室等；有機房2個，多媒體教室19個。學院現有教職員工76人（含校內兼職和社會兼職教師和高級技師），其中教授、副教授、高級會計師、高級經濟師、高級技師、高級經營師、高級物流師等副高級以上23人；具有大型企業3年以上實踐管理經驗的“雙師型”教師37人；我院的師資隊伍不僅能夠保證各門課程的教學質量，並能完全滿足學生實習實訓操作指導需要，確保了各專業人才培養方案的實現；培養出來的高端技能型、應用性人才深受企業歡迎，並得到了企業的高度評價“用得著、留得下、靠得住”。
建築工程學院
建築工程學院是在國家確定將海南省建設成為國際旅遊島的大背景下誕生的，是海南科技職業學院重點建設的六大專業學科群之壹。現有建築設計技術、建築裝飾工程技術、建築工程技術、工程造價4個專業。建有建築施工實訓室、工程測量實訓室、工程制圖實訓室、工程造價軟件機房等壹批實訓室。有壹支結構合理、素質較高的專兼職教師隊伍。教師隊伍中有教授7人，副教授10人，講師6人，碩士研究生10人，博士研究生2人，雙師型教師13人。質量工程建設取得了長足的發展，建設了壹批精品***享課程，建設了工程造價優秀教學團隊和工程造價特色專業。為了加強學生實踐能力的培養，學院與海南建築工程總公司、海南省壹建、二建，廣西四建海南分公司、海南百佳興監理公司、江西建工機械施工有限公司海南分公司等省內外十幾家大型建築工程公司、工程造價公司、工程監理和工程咨詢公司建立了長期合作辦學的聯系，為學生的實習、實訓、實踐創造了良好的條件，為培養建築工程高級專門技術技能型應用型人才打下了堅實基礎。
生物與化學工程學院
生物與化學工程學院成立於2008年，現有石油化工生產技術、生物制藥技術、精細化學品生產技術三個專業。具有壹支結構合理、專業基礎雄厚的師資隊伍。目前有教授7人，副教授7人，講師12人，具有高級工、技師、工程師等職稱的教師11人；其中博士生導師3人，碩士生導師2人，博士4人，碩士12人，在讀碩士7人；有省級教學名師1人，校級教學名師2人，2013、2014、2015連續三年被評為校師德師風建設先進集體。
學院擁有完善的教學設備設施，實訓設施總建築面積近萬平方米，儀器設備2186臺（件），價值780余萬元。目前已建成重點實訓基地“煉油常減壓仿真工廠”、 “油品分析實訓室”、“化工單元操作實訓室”等7個實訓室；2011年8月經國家人力資源和社會保障部批準建立“化工職業技能鑒定站”，具有“化學分析工”等22個工種的職業鑒定資格，是海南省唯壹的“化工行業特有工種職業技能鑒定站”，全年面向社會及在校生開展職業技能鑒定，2014年被評為全國職業技能鑒定先進單位；2015年起開始申請石油化工產品質量檢測認證資質，建成後將面向海南石化企業開展產品檢測等業務。
藝術與設計學院
藝術設計學院是海南科技職業學院的二級學院。隨著藝術學院的不斷發展，***有專任教師15名，其中具有副高級以上職稱的教師3名，研究生中級職稱教師4名，雙師型教師14名，講師4名；學院建設校內實驗實訓室***8間，校外實訓基地6個；
為提高學院學生學歷，2011年10月成功與海南大學聯合開設了專接本藝術設計專業本科班，學生在入校後即可報名參加專科套讀本科，學生在獲取專科畢業證的同時，經考試合格，可獲取海南大學本科學歷證和學位證。
學院所屬專業有：5個統招專業（廣告設計與制作、藝術設計、動漫設計與制作、旅遊工藝品設計、工程造價）；3個助學自考專業（視覺傳達設計、服裝設計）
太陽能工程學院
太陽能工程學院現有太陽能光電應用技術專業學生300多人，教職工18人，其中教授5名（含博士生導師1名），研究生及中級以上職稱者占總比例超過總人數80%。此外，學院還擁有先進的基礎課、專業課實驗室5個，多媒體教室5個，校外實驗實訓基地2個。優越的辦學條件為我院教學、科研工作的順利進行奠定了堅實的基礎。
學院課程設置分為基礎課、專業基礎課、專業課，根據用人單位的人才規劃要求，包括：大學物理、電工學、機械制圖、數字電子技術、模擬電子技術、PLC控制器原理與應用、光學材料與原理、半導體物理與器件、材料科學概論、太陽能利用技術、光伏系統概論、材料加工CAD、太陽能光伏電池及應用、太陽能光熱應用技術、太陽能光伏發電技術、光伏材料加工技術、光伏發電系統設計與施工、並網太陽能發電技術、太陽能建築壹體化等課程。
學院所屬專業有：太陽能光電應用技術；光伏材料應用加工技術；
機電工程學院
機電工程學院現有學生1000多人，教職工50多人，其中高級職稱的老師有18人，現建設有實驗實訓基地32個，機器人競賽實訓室、金工實訓中心、產品陳列實訓室、數控仿真實訓室、3D掃描與快速成型實訓室、氣焊實訓室、電焊實訓室、模具拆裝實訓室、制圖模型陳列室、機械設計、模具、刀具示教室、數控實訓中心、精密加工實訓室以及其他實驗室。
學院所屬專業有：機械設計與制造、數控技術、模具設計與制造、汽車檢測與維修、機電壹體化和應用電子技術等6個統招專業。 《壹種稀土芳香羧酸有機配合物及其制備方法》
《壹種浸漬法制備負載型鐵基復合催化劑的方法》
《壹種四元稀土有機配合物及其制備方法》
《由甲醇制低碳烯烴的催化劑及其制備方法》
《壹種無機—並五苯類物質復合半導體材料及其制備方法》
《壹種合成生物油用酸化固體催化劑的制備方法》
《超臨界法酸化固體催化制備生物柴油的方法》
《壹種廢聚酯的解聚方法》 《中國民辦高校融資問題研究》
《網路環境下利用移動設備進行在線學習的有效模式研究》
《職業技能大賽對職業教育發展的影響力研究》
《新型非矽太陽能電池制備的研究》
《甲醇柴油的生產及其應用研究》
《基於完善法人治理結構的民辦高校章程建設》 《高效管理與大學生權利保護熱點法律問題》
《民辦高校需要好校長》
《職業技能大賽對職業教育發展的影響力研究》
《國家社會科學基金壹般項目我國企業總會計師體制改革研究》
《海南國際旅遊島口岸構建研究》