在引入阿米巴經營的過程中，往往會出現“不治之癥”，這是正常的，但如果不及時糾正，可能會導致員工積極性受挫或實施受阻。香港人文學者貝弗利根據他在實踐阿米巴過程中的所見所聞談論了六個問題:
1.要求員工主動結賬，而不是公司來推成本。
公司有成本計劃，層層推演。由於市場原因，主輔材料經常變動，導致成本波動頻繁。基層阿米巴在核算過程中，經常受到上級成本壓力的困擾，導致積極性不高，阿米巴報表不準確。
這是中高層領導壹廂情願造成的，成本計劃是可以做的，但關鍵在於調動基層員工的積極性，基層阿米巴是否能緊扣達成經營目標。
2、不執行會計七項原則，單壹追求制造領域的成本消化。
制造領域的成本消化如何，確實直接影響到成品成本，但在價值鏈中並沒有很好的理解。
“堅筋”原則等七項核算原則包含即時使用原則，多余的原輔材料積壓是品種結構調整造成的。
這不是制造領域阿米巴的責任，而是七大會計原則沒有得到徹底執行的原因。在這種情況下，追求制造領域的原材料消化是不現實的。
3，規則不完善，只追求制造領域的阿米巴效應。
在不建立規則的前提下，過分追求阿米巴是不現實的。進入變形蟲
在這個過程中，要有壹個循序漸進的推進計劃，允許逐步不完善，但要有逐步完善規則的意識。比如應該分享什麽，分享的原則是基層阿米巴無法實現的，必須從公司層面考慮。比如過站費結算日期不統壹，部分水電能源與公用事業抄表時間不同，都會帶來麻煩。
每個變形蟲的運行都需要考試規則的支撐，所以需要逐步完善規則。
4.把握“估計”、“預提”、“本期”，探索批量成本彈性規律。
在壹些大型制造業中，許多原材料，如礦石、鐵粉、有色金屬等，在國際市場的波動下，往往難以據實結算。所以壹定要用好“預估”、“預扣”、“當期”，及時(至少每月)多退少補。
再比如，人力資源費用的年薪部分也要平衡，每年多退少補，加強協調，盡可能接近規律。
5.理順成本科目，確保各級阿米巴成本“清清楚楚”
抓眉毛胡子壹把抓，在沒有財務部門支持的情況下，理順成本費用科目。如果我們遵循軟件BOM列表，
那是不合理的，無視就更亂了。根據阿米巴實際運行規律，各級阿米巴在財務指導下，要建立13成本項目，合並相似項目，然後動態捕捉異常，從阿米巴報表中發現異常，從而達到改善的目的。
6.壓力不傳導，阿米巴舉報全部由管理部門承擔。
實踐中看到壹些企業，為了快速推進阿米巴核算，由管理部門或阿米巴主要負責人制作阿米巴報告，然後落實到基層阿米巴進行改進。這不利於阿米巴成員獨立核算和管理的實現，反而“上壹級背上更多的猴子”
正確的做法是讓每個變形蟲自己完成報告，自己分析報告，而不是“越俎代庖”。如果“以泡代泡”，就失去了讓基層阿米巴自行算賬的意義，也就遠離了阿米巴經營的本質。