根據上述職責，州住房公積金管理中心設23個內設機構：
（壹）綜合科。
負責黨務、政務及日常管理工作；貫徹執行國家、省、州住房公積金政策，建立健全管理中心各項規章制度，協調各科室擬定住房公積金具體管理辦法；負責文秘、機要、信息、宣傳、會務、督辦、檔案、信訪、後勤行政等工作；負責紀檢、監察、黨風廉政建設的日常工作；負責幹部人事、勞資和社會保障等工作；負責管理中心目標管理和政務公開工作。
（二）信息管理科。
貫徹執行和宣傳國家、省、州住房公積金政策，擬定住房公積金科技信息工作具體管理辦法；負責制定住房公積金管理信息化建設方案並組織實施，為歸集、提取、信貸、會計等業務工作提供技術支持及服務；負責住房公積金業務管理信息系統的管理、維護及信息安全、保密及數據備份工作；負責辦公網絡系統硬件、軟件的管理和維護；負責與省住房和城鄉建設廳、州財政局、州人民銀行及委托承辦商業銀行的網絡連接和有關業務數據對接工作。
（三）委托信貸科。
貫徹執行國家、省、州住房公積金政策，擬定住房公積金貸款業務的相關管理文件；編制擬訂住房公積金年度貸款計劃及執行情況的報告；負責住房公積金貸款計劃的任務分解、組織實施，並對各管理部住房公積金貸款業務進行指導、監督、檢查；負責對委托銀行辦理住房公積金貸款業務的協調、指導和監督；負責住房公積金貸款的審核、發放及催收；負責住房公積金貸款檔案規範化管理；負責住房公積金貸款政策的宣傳、咨詢、解答及信息反饋；負責住房公積金貸款業務數據的前臺錄入及管理。
（四）歸集管理科。
貫徹執行國家、省、州住房公積金政策，擬定住房公積金繳存管理業務的相關管理文件；負責編制擬訂住房公積金年度歸集計劃及執行情況的報告；負責住房公積金歸集計劃的任務分解、組織實施，並對各管理部住房公積金歸集業務進行指導；審核辦理職工住房公積金提取、轉移、封存手續，並向職工發放繳存住房公積金的有效憑證；審核單位提高、降低住房公積金繳存比例或緩繳住房公積金的申請並提出上報意見；負責住房公積金繳存、提取等業務檔案的規範化歸檔移交工作；負責住房公積金繳存提取數據的前臺錄入及繳存職工個人信息（姓名和身份證號）的核實和更改；負責住房公積金繳存、提取政策的宣傳、咨詢、解答及信息反饋。
（五）會計科。
1．貫徹執行國家、省、州住房公積金政策，擬定住房公積金會計核算和財務管理實施辦法；編制、執行住房公積金年度使用計劃及編報使用計劃執行情況的報告；編制住房公積金年度預算、決算報告及擬定向社會公布的年度財務報告工作文稿；核算職工住房公積金繳存、提取、使用等賬務，並與委托銀行定期對賬；編制住房公積金會計報表及財務分析報告；負責提出使用住房公積金購買國債計劃、定期存款計劃並組織實施；負責住房公積金業務管理信息系統後臺數據庫的管理，確保各項數據的準確、真實和完整；負責住房公積金會計憑證、會計賬簿、會計報表的打印、裝訂管理以及會計檔案的交接工作。
2．負責編制中心事業經費財務收支預算，按規定做好中心事業經費收支的日常財務管理、會計核算和決算工作；加強中心各類資產的管理，健全資產登記清查制度，防止國有資產流失，保證資產的安全完整；及時編制和報送各類事業經費會計、統計報表；加強事業經費會計基礎管理工作，對所屬管理部的財務報帳員進行業務指導和培訓，對其執行財經政策和有關規章制度的情況實行監督；會同有關部門對中心財會人員職稱、繼續教育、考核、獎懲等實施管理；負責管理中心事業經費會計檔案；完成省住建廳、州財政、審計等有關部門安排的相關工作；完成中心交辦的有關工作。
（六）執法監察審計科。
建立健全州住房公積金管理中心內部控制制度並組織實施，對各管理部內部控制制度的執行情況進行監督和檢查；對住房公積金歸集、使用、貸款業務的合規性進行審計、監督、檢查；對不辦理住房公積金繳存登記或者不為本單位職工辦理住房公積金賬戶設立手續和逾期不繳或少繳住房公積金的單位進行行政執法，並申請人民法院強制執行；對住房公積金逾期貸款本息依法進行訴訟和處置。
（七）州直管理部（州住房資金管理中心）。
1．在州住房公積金管理中心的領導和授權範圍內履行相應的管理職責和行政執法工作。執行州住房公積金管理委員會批準的住房公積金歸集、使用計劃和繳存比例；負責職工住房公積金的歸集、提取、貸款等具體管理工作；在州本級範圍內負責建立職工住房公積金明細帳，具體記載職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況；審核各單位住房公積金繳存比例、受理住房公積金提取申請和住房公積金貸款申請；承辦州住房公積金管理中心決定的其他事項。
2．負責州級房改資金管理，包括建立房改資金總帳、單位二級帳和審批各單位的房改資金等；繼續完成州級行政、企事業單位的住房制度改革工作，辦理州級職工的土地收益金繳交、房改房《上市證》的辦理和職工住房存量補貼的兌現工作。
（八）16個縣市管理部：
1．黔東南州住房公積金管理中心凱裏市管理部
2．黔東南州住房公積金管理中心丹寨縣管理部
3．黔東南州住房公積金管理中心麻江縣管理部
4．黔東南州住房公積金管理中心黃平縣管理部
5．黔東南州住房公積金管理中心施秉縣管理部
6．黔東南州住房公積金管理中心鎮遠縣管理部
7．黔東南州住房公積金管理中心岑鞏縣管理部
8．黔東南州住房公積金管理中心三穗縣管理部
9．黔東南州住房公積金管理中心天柱縣管理部
10．黔東南州住房公積金管理中心錦屏縣管理部
11．黔東南州住房公積金管理中心黎平縣管理部
12．黔東南州住房公積金管理中心從江縣管理部
13．黔東南州住房公積金管理中心榕江縣管理部
14．黔東南州住房公積金管理中心雷山縣管理部
15．黔東南州住房公積金管理中心臺江縣管理部
16．黔東南州住房公積金管理中心劍河縣管理部
在州住房公積金管理中心的領導和授權範圍內履行相應的管理職責和行政執法工作。執行州住房公積金管理委員會批準的住房公積金歸集、使用計劃和繳存比例；負責職工住房公積金的歸集、提取、貸款等具體管理工作；在各縣市範圍內負責建立職工住房公積金明細帳，具體記載職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況；審核各單位住房公積金繳存比例、受理住房公積金提取申請和住房公積金貸款申請；承辦州住房公積金管理中心決定的其他事項。
紀檢監察機構州紀委派駐州住房公積金管理中心紀檢組、州監察局派駐州住房公積金管理中心監察室，負責州住房公積金管理中心紀檢監察工作。