壹、會計科目設置
（壹）壹般納稅人會計科目
壹般納稅人應在“應交稅費”科目下設置“應交增值稅”、“未交增值稅”兩個明細科目；輔導期管理的壹般納稅人應在“應交稅費”科目下增設“待抵扣進項稅額”明細科目；原增值稅壹般納稅人兼有應稅服務改征期初有進項留抵稅款，應在“應交稅費”科目下增設“增值稅留抵稅額”明細科目。在“應交增值稅”明細賬中，借方應設置“進項稅額”、“已交稅金”、“出口抵減內銷應納稅額”、“減免稅款”、“轉出未交增值稅”等專欄，貸方應設置“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉出”、“轉出多交增值稅”等專欄。
1、“進項稅額”專欄，記錄企業購入貨物或接受應稅勞務和應稅服務而支付的、準予從銷項稅額中抵扣的增值稅額。企業購入貨物或接受應稅勞務和應稅服務支付的進項稅額，用藍字登記。
2、“減免稅款”專欄，用於記錄該企業按規定抵減的增值稅應納稅額，包括允許在增值稅應納稅額中全額抵減的初次購買增值稅稅控系統專用設備支付的費用以及繳納的技術維護費。
3、“已交稅金”專欄，記錄企業已繳納的增值稅額，企業已繳納的增值稅額用藍字登記。
4、“出口抵減內銷應納稅額”專欄，記錄企業按免抵退稅規定計算的向境外單位提供適用增值稅零稅率應稅服務的當期應免抵稅額。
5、“轉出未交增值稅”專欄，記錄企業月末轉出應交未交的增值稅。企業轉出當月發生的應交未交的增值稅額用藍字登記。
6、“銷項稅額”專欄，記錄企業提供應稅服務應收取的增值稅額。企業提供應稅服務應收取的銷項稅額，用藍字登記；發生服務終止或按規定可以實行差額征稅、按照稅法規定允許扣減的增值稅額應沖減銷項稅額，用紅字或負數登記。
7、“出口退稅”專欄，記錄企業向境外提供適用增值稅零稅率的應稅服務，按規定計算的當期免抵退稅額或按規定直接計算的應收出口退稅額；出口業務辦理退稅後發生服務終止而補交已退的稅款，用紅字或負數登記。
8、“進項稅額轉出”專欄，記錄由於各類原因而不應從銷項稅額中抵扣，按規定轉出的進項稅額。
9、“轉出多交增值稅”專欄，記錄企業月末轉出多交的增值稅。企業轉出當月發生的多交的增值稅額用藍字登記。
10、“未交增值稅”明細科目，核算壹般納稅人月末轉入的應交未交增值稅額，轉入多交的增值稅也在本明細科目核算。
11、“待抵扣進項稅額”明細科目,核算壹般納稅人按稅法規定不符合抵扣條件，暫不予在本期申報抵扣的進項稅額。
12、“增值稅留抵稅額”明細科目，核算壹般納稅人試點當月按照規定不得從應稅服務的銷項稅額中抵扣的月初增值稅留抵稅額。
（二）小規模納稅人會計科目
小規模納稅人應在“應交稅費”科目下設置“應交增值稅”明細科目，不需要再設置上述專欄。
二、會計處理方法
（壹）壹般納稅人國內購進貨物、接受應稅勞務和應稅服務
壹般納稅人國內采購的貨物或接受的應稅勞務和應稅服務，取得的增值稅扣稅憑證，按稅法規定符合抵扣條件可在本期申報抵扣的進項稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，按應計入相關項目成本的金額，借記“材料采購”、“商品采購”、“原材料”、“制造費用”、“管理費用”、“營業費用”、“固定資產”、“主營業務成本”、“其他業務成本”等科目，按照應付或實際支付的金額，貸記“應付賬款”、“應付票據”、“銀行存款”等科目。購入貨物發生的退貨或接受服務中止，作相反的會計分錄。
1.取得專用發票
壹般納稅人國內采購的貨物或接受的應稅勞務和應稅服務，取得增值稅專用發票（不含小規模納稅人代開的貨運增值稅專用發票），按發票註明增值稅稅額進行核算。 案例2013年8月，濟南A物流企業，本月提供交通運輸收入100萬元，物流輔助收入100萬元，按照適用稅率，分別開具增值稅專用發票，款項已收。當月委托上海B公司壹項運輸業務，取得B企業開具的貨物運輸業增值稅專用發票，價款20萬元，註明的增值稅額為2.2萬元。
A企業取得B企業貨物運輸業增值稅專用發票後的會計處理： 借：主營業務成本200000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額）22000 貸：應付賬款——B公司222000
案例2013年9月2日，濟南A物流企業（壹般納稅人）與H公司（壹般納稅人）簽訂合同，為其提供購進貨物的運輸服務，H公司於簽訂協議時全額支付現金6萬元，且開具了專用發票。9月8日，由於前往目的地的道路被沖毀，雙方同意中止履行合同。H公司將尚未認證專用發票退還給A企業，A企業返還運費。
Ⅰ.H公司7月2日取得專用發票的會計處理： 借：在途物資54054.05
應交稅費——應交增值稅（進項稅額）5945.95 貸：現金60000
Ⅱ.H公司7月8日發生服務中止的會計處理： 借：銀行存款60000 借：在途物資-54054.05
應交稅費——應交增值稅（進項稅額）-5945.95 2.購進農產品
壹般納稅人購進農產品，取得銷售普通發票或開具農產品收購發票的，按農產品買價和13%的扣除率計算進項稅額進行會計核算。
案例例：2013年2月，濟南S生物科技公司進行靈芝栽培技術研發，本月從附近農民收購1500元稻草與棉殼用作研發過程中的栽培基料，按規定已開具收購憑證，價款已支付。
借：低值易耗品1305
應交稅費——應交增值稅（進項稅額）195 貸：現金1500
3.進口貨物或服務
壹般納稅人進口貨物或接受境外單位或者個人提供的應稅服務，按照海關提供的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額或中華人民***和國稅收通用繳款書上註明的增值稅額進行會計核算。
案例2013年8月，日照G港口公司，本月從澳大利亞Re公司進口散貨裝卸設備壹臺，價款1500萬元已於上月支付，繳納進口環節的增值稅255萬元，取得海關進口增值稅專用繳款書。 相關會計處理為： 借：工程物資15000000 貸：預付賬款15000000
借：應交稅費——應交增值稅（進項稅額）2550000 貸：銀行存款2550000
案例2013年9月，日照G港口公司，進行傳輸帶系統技術改造過程中，接受澳大利亞Re公司技術指導，合同總價為18萬元。當月改造完成，澳大利亞Re公司境內無代理機構，G公司辦理扣繳增值稅手續，取得扣繳通用繳款書，並將扣稅後的價款支付給Re公司。書面合同、付款證明和Re公司的對賬單齊全。
Ⅰ.扣繳增值稅稅款時的會計處理：
借：應交稅費——應交增值稅（進項稅額）10188.68 貸：銀行存款10188.68 Ⅱ.支付價款時的會計處理： 借：在建工程169811.32 貸：銀行存款169811.32
4.接受鐵路運輸服務
接受交通運輸業服務，取得鐵路運輸費用結算單據，按照的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。
案例2013年10月，濟南S生物科技公司委托浙江某鐵路運輸服務公司運送購買的技術研發用設備壹套，支付費用4500元，其中運費4000元，上下力資500元，取得運費發票。
借：固定資產——研發設備a4220 應交稅費——應交增值稅（進項稅額）280 貸：現金4500
（三）壹般納稅人輔導期
壹般納稅人（輔導期）國內采購的貨物或接受的應稅勞務和應稅服務，已經取得的增值稅扣稅憑證，按稅法規定不符合抵扣條件，暫不予在本期申報抵扣的進項稅額，借記“應交稅費——待抵扣進項稅額”科目，應計入采購成本的金額，借記“材料采購”、“商品采購”、“原材料”、“制造費用”、“管理費用”、“營業費用”、“固定資產”、“主營業務成本”、“其他業務成本”等科目，按照應付或實際支付的金額，貸記“應付賬款”、“應付票據”、“銀行存款”等科目。
收到稅務機關告知的稽核比對結果通知書及其明細清單後，按稽核比對結果通知書及其明細清單註明的稽核相符、允許抵扣的進項稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”，貸記“應交稅費——待抵扣進項稅額”。