主要區別有，科目分類不同、寄生性不同、形態特征不同、對人類的危害不同，具體如下：
壹、科目分類不同
1、跳蚤
跳蚤，是六足亞門、昆蟲綱、蚤目動物。
2、虱子
虱子，是六足亞門、昆蟲綱、虱目動物。
二、寄生性不同
1、跳蚤
成蟲通常生活在哺乳類動物身上，少數在鳥類。最大量最普溫的宿主是嚙齒動物，狗、貓或人也為某種跳蚤的主要宿主。
2、虱子
寄主主要為陸生哺乳類動物，少數為海棲哺乳類，人類也常被寄生。
三、形態特征不同
1、跳蚤
成蟲體型微小或小型，無翅，體堅硬側扁，觸角粗短。口器銳利，用於吸吮，腹部寬大，有9節。後腿發達，粗壯。
2、虱子
①、體虱
為灰色或灰白色，頭略呈橄欖形，胸節融合不能區分，在中胸兩側有氣孔壹對。腹長而扁，分9節，外觀可見7節，每節兩側氣孔壹對，雄虱腹部尾端圓鈍，雌虱尾端分叉，形似W形狀。
②、頭虱
體色較深黑，體型較小，腹部邊緣為暗黑色，其他與體虱相似。
③、陰虱
灰白色，體寬與體長幾乎相等，腹短，分節不明顯，兩側有疣狀突出，以最後壹對為最大，前腿細小，中及後腿粗大。
四、對人類的危害不同
1、跳蚤
跳蚤是重要的媒介生物，可以傳播多種重要傳染病，包括絳蟲病、鼠疫、腎綜合征出血熱、地方性斑疹傷寒和巴爾通體病等。
2、虱子
虱類叮咬人體時，分泌的唾液進入人體皮膚內使皮膚發癢，用手搔、抓可使皮膚破損，進而導致繼發感染發生，並形成膿瘡。體虱和頭虱被認為是傳播流行性斑疹傷寒、虱傳回歸熱的主要媒介，體虱還可以傳播戰壕熱。
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