主要有以下幾點不同：
1.病毒的類型是不壹樣的，HIV是屬於逆轉錄病毒；HPV是屬於球形DNA病毒壹類。
2.二者之間的感染和引起病變的部位是不同的，HIV是壹種人類免疫缺陷類病毒，主要通過病毒攻擊人類的免疫系統，導致病人的免疫系統防線摧毀，使得病人被來自其他的病毒導致的疾病所侵害；HPV主要感染的區域是人類表皮和黏膜上皮，這也是最為常見的性傳播病毒。
3.可治愈性不同，HIV目前是無法徹底治愈的也不可以完全預防；HPV則是可防可控的，可以完全治療的。
4.治療策略不同，HIV主要是通過最大限度和持久的降低病毒載量；獲得免疫功能重建和維持免疫功能；提高生活質量；降低HIV相關的發病率和死亡率；HPV則是通過激光、微波、冷凍、電灼、手術切除（婦科的LEEP刀等）、光動力療法等，也可以使用特定的藥物治療。
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