第壹次進港時，林森建議在東南亞發展勢力，得到“金銅的布錢”。
可以在馬尼拉、文萊、馬納多和德爾納特四個港口中任選壹個作為根據地，首先進入哪個就以其為準。這個還關系到部分航海士的加入。
建立根據地後第壹次出港時，林森勸佐伯沒準備好之前不要進入普雷依拉的勢力範圍。
建立根據地後第壹次進港時，佐伯更換提督旗。
東南亞勢力值300時，進入雅加達、泗水、安勃那這三個港口中的任意壹個，會聽到當地商人對庫恩的評論。
東南亞勢力值500時，進入阿鎮、巴鄰旁、吉阿丁這三個港口中的任意壹個，有人會讓林森回麻六甲去見普雷依拉。
應邀前往麻六甲，普雷依拉出現並勒索10萬塊。如果所持金在10萬以上，則出現選項：1、明白了，付錢吧；2、不，我不付。
選擇1則付給普雷依拉10萬，選擇2則普雷依拉好感減30。如果所持金在10萬以下，則不會出現選項，結果與選擇2相同。如果庫恩還存在，則選擇1時還會與普雷依拉結盟，庫恩好感減30。
在普雷依拉的勒索劇情發生後，哈瓦那將產生壹支海盜艦隊前來追擊佐伯，大概6至7個月後會到達東南亞。遇上後即發生戰鬥，勝、敗或者逃走都無所謂。如果庫恩還存在，則進港後在酒館會得知這是庫恩派來的，並出現選項：1、與庫恩決壹雌雄；2、現在要積蓄力量。
選擇1則與庫恩開戰，選擇2則什麽都不發生。
消滅庫恩後，進入雅加達得到“裝有乳液的壺”。
如果之前與普雷依拉結盟，則消滅庫恩後進入麻六甲時他會挑釁。
進入過麻六甲與吉阿丁的遺跡（麻六甲遺跡地圖在雅加達買），且東南亞勢力值2000時，則在進入除吉阿丁外的東南亞港口碼頭時，有人會提示吉阿丁遺跡有線索。
進入吉阿丁的遺跡，發現其與麻六甲遺跡有相似之處，於是前往麻六甲。進入麻六甲遺跡後得知了其中的秘密，返回吉阿丁遺跡即得到“古代王國錢幣”。
在碼頭組合兩者，即得到“畢阿斯的貨幣地圖”，按著它找到“瓊恰克的金冠”。
東南亞勢力值1000時，進入除雅加達外的東南亞港口碼頭，有人會讓佐伯去雅加達的同業公會。進入雅加達同業公會，塞西莉亞請佐伯幫她尋找父母，佐伯答應了。塞西莉亞加入並得到“太陽圖紋的刀鞘”。。
如果在普雷依拉挑釁後消滅了他，則在進入麻六甲時他會承認失敗並返回葡萄牙。
東亞
第壹次進入長崎或大阪時，會發生佐伯與林森喝酒的劇情，如果塞西莉亞在，則她會說起日本遍地是黃金的傳說。
東亞勢力值1500時，進入東亞的中國港口佐伯與林森會吟誦“金銅的布錢”上面刻的唐詩，相信霸者之證線索就在中國。
總勢力值1500時，進入大阪或長崎的酒館，佐伯會尋找仇家的情報，林森提示去找李朝水師。
總勢力值2000時，進入京城碼頭文瑜會出現並與佐伯結盟，同時給出佐伯仇人宗九郎的情報。
第壹次與來島第壹艦隊作戰時，佐伯將與來島有壹段對話。
第壹次與來島第二艦隊作戰時，將觸發鐵甲船劇情。
消滅或威壓來島，進入長崎時佐伯將去尋找仇人宗九郎，對方在絕望中放火自焚身亡。
宗九郎劇情發生之後，且東亞勢力第壹時，進入京城碼頭文瑜將送出“竹藝品的組合說明圖”。
進入過杭州的遺跡（地圖在京城買），且東亞勢力值2000時，進入泉州碼頭有人提示酒館有人等。進入泉州酒館，壹位老人讓佐伯去杭州遺跡看看。進入杭州遺跡並解開謎題即得到“唐代的竹藝品”。
組合以上兩件證物有五種方法：
1、乙鳳在主艦隊時，在碼頭由她組合；
2、華梅與楊希恩在主艦隊時，在碼頭由他們組合；
3、傑拿斯在主艦隊時，在酒館由他組合；
4、尤裏安在主艦隊時，在旅館由他組合；
5、查理在主艦隊時，在旅館由他組合。
組合後即得到“科以倫的竹地圖”，按著它找到“殷代方形鼎”。
消滅或威壓來島，且發生過鐵甲船劇情，則當傑拿斯、曼努埃爾與鐵禮列三人中任意壹個在主艦隊時，進入長崎船廠可以加裝二層裝甲。
印度洋
進入印度範圍的港口碼頭，弗利奧在主艦隊時可以收到米哈易爾。
第壹次進入印度洋的阿拉伯港口，伍丁會出現並與佐伯就霸者之證問題進行交流，之後送出“莫阿丁的天文觀測儀”。如果納哥普爾還沒有消滅，則伍丁會提出結盟對付納哥普爾；如果納哥普爾已經滅亡，則改為結盟對付埃斯皮諾沙。
如果在伍丁送出證物之前就消滅了他，可以在印度洋勢力第壹時，持有北海、非洲、東南亞、東亞霸者之證中的任意壹個進入巴斯拉，這樣也會得到證物。
第壹次進入納哥普爾勢力範圍港口的酒館時，塞西莉亞會遭到納哥普爾的騷擾，佐伯與之開戰。
消滅納哥普爾，所持金在5萬以上時進入卡利亥特，會看到納哥普爾被人追債的場面。之後以10000的價格買下他抵押的“貴霜朝的大盤”。
持有“莫阿丁的天文觀測儀”，進入過巴斯拉與卡利亥特的遺跡（地圖分別在索法拉和巴斯拉買），且印度洋勢力值2000時，進入除卡利亥特外的印度洋港口碼頭有人會提示：卡利亥特的遺跡花紋與天文儀很像。
之後進入卡利亥特遺跡，卻解不開謎題。到其他海域進港，米哈易爾會提示去印度洋的遺跡看看。去到巴斯拉遺跡，發現壹個庭院，但之前猜想並不對，提示返回卡利亥特。在卡利亥特遺跡得到12進制的秘密後，再回巴斯拉遺跡解開謎題即可得到“不枯萎的蓮葉”。
在碼頭組合兩者，即得到“梭倫的葉地圖”，按著它找到“薩爾貢的頭像”。
如果之前與伍丁訂下對抗納哥普爾的盟約，則可以在納哥普爾滅亡之後，進入巴斯拉將盟約的針對對象改為埃斯皮諾沙。
印度洋勢力值1500時，阿芝莎將隨機出現。
非洲
第壹次進入埃斯皮諾沙勢力範圍內港口的酒館，會得知埃斯皮諾沙販賣人口的消息。
在得知埃斯皮諾沙販賣人口的消息後，進入索法拉觸發劇情，埃斯皮諾沙企圖誘拐塞西莉亞，遭到佐伯的制止，埃斯皮諾沙好感減30。
發生誘拐劇情後，如果之前與伍丁有針對埃斯皮諾沙的盟約，則在進入埃斯皮諾沙勢力範圍港口的酒館時，會發生下毒事件，據說是伍丁指使的，此時出現選項：1、我同意；2、我反對。
選擇1則再出現選項：A、啊啊；B、真的是這樣嗎？選擇A則與伍丁的盟約中止，選擇B則什麽都不發生。選擇2與選擇B結果是壹樣的。
發生誘拐劇情壹個月以後，如果遇到埃斯皮諾沙第二艦隊就會發現對方販賣人口的證據並直接開戰。
消滅埃斯皮諾沙後進入索法拉，有位老人送妳“神秘的石版上半部”。
持有“神秘的石版上半部”，進入過索法拉遺跡，且非洲勢力值2000時，進入除索法拉外的非洲港口碼頭有人會提示，霸者之證在非洲的某個遺跡裏。之後進入索法拉遺跡解開謎題後即得到“神秘的石版下半部”。
在碼頭組合兩者，即得到“貝利安德羅的石地圖”，按著它找到“羊頭獅身像”。
非洲勢力值1500時，進港時會發生佐伯為救塞西莉亞而受傷的劇情。
在發生佐伯受傷劇情之後，持有東南亞與東亞霸者之證進入希拉雷奧涅或綠角時，弗利奧會提示去地中海的休達。
地中海（壹）
在非洲得到弗利奧的提示後，進入休達的酒館，有人讓佐伯等人次日再來。第二天再次進入酒館，會得到消息說塞西莉亞的母親在裏斯本。
進入裏斯本，遇到阿博科魯克，對方帶著佐伯去見塞西莉亞之母愛斯法妮雅。愛斯法妮雅透露，她丈夫特歐貝爾德去了新大陸，巴魯迪斯和埃斯康特都在找他。佐伯決定前往新大陸，臨行前應愛斯法妮雅的要求將已得到的霸者之證交給她研究。
新大陸
第壹次進入新大陸的港口，開始尋找特歐貝爾德，但毫無線索。佐伯決定到處走走。
第壹次進入委拉克路斯的酒館，會聽到埃斯康特與芬的對話，談到了蒂雅與特歐貝爾德，但他們也不知道特歐貝爾德的下落。
進入美利達、特魯西優、馬拉開波這三個港口中的任意壹個時，會看到印第安人受壓迫的劇情。
聽到埃斯康特的對話且見到印第安人受壓迫的劇情後，進入波多韋羅時蒂雅會出現，她提供了特歐貝爾德的下落並請佐伯幫她對抗埃斯康特。佐伯表示同意，昆廷韋拉斯勢力出現並與佐伯家結盟。
消滅埃斯康特，且新大陸勢力第壹時進入波多韋羅，會遇到特歐貝爾德。同時蒂雅他們舉行祭祀，特歐貝爾德提示去馬丘比丘看看。進入波多韋羅遺跡後解開謎題即得到“典禮用的小刀”。塞西利亞父女決定回裏斯本團聚。
如果在與蒂雅結盟前就消滅了埃斯康特，則在進入除波多韋羅外的港口後蒂雅會和佐伯有另壹段對話。
在碼頭組合兩者，即得到“比塔科史的刀刃地圖”，按著它找到“契慕的斧頭”。
地中海（二）
持有“比塔科史的刀刃地圖”進入裏斯本，得知霸者之證被巴魯迪斯搶走了，巴魯迪斯向佐伯家宣戰。
在塞維利亞附近海面會遇上車輪戰，如果勝出則拿回被搶走的霸者之證並得到“黃銅制的煤油燈”，如果失敗或逃走則需要消滅巴魯迪斯後進入塞爾維亞才能拿到。
收到米哈易爾後，進入亞力山卓酒館，有人說謝爾在當地的遺跡裏。進入遺跡遇到謝爾，他會提出壹個謎題，不管解決與否他都會加入，同時得到“畫有圖案的布”。
在碼頭組合兩者，即得到“庫雷歐布羅的布地圖”，按著它找到“阿葛曼儂的面具”。
北海
第壹次進入北海港口的酒館，會聽到英國戰勝西班牙且得到霸者之證線索的消息。
得到消息後進入倫敦王宮，制造混亂後逃走。
再次進入倫敦王宮，會聽到克麗雅訂婚的情報。
得到情報後在南特入港時，會發生克麗雅遭海盜襲擊的事件，擊敗敵人後克利福德送出“老舊的羊皮紙”。
如果在克利福德送出證物前就消滅了他，那麽可以去阿姆斯特丹的酒館得到。
北海勢力值2000時，進入除漢堡外的北海港口碼頭，有人提示漢堡的遺跡有線索。進入漢堡遺跡並解開謎題，即得到“紅色的染料”。
在碼頭組合兩者，即得到“泰勒斯的紙地圖”，按著它找到“哈爾舒塔的供品車”。
如果在裏加附近與圖魯維開戰，則赫德拉姆會出來助戰。
收齊七個霸者之證後，送塞西莉亞回裏斯本。裏斯本碼頭有人告訴佐伯，他們壹家已經去塞爾維亞了。進入塞爾維亞就可以看大結局。
若是錯過了問題，就沒辦法了。