“飛行面條怪”（Flying Spaghetti Monster）其核心概念源自博比·亨德森在2005年1月撰寫的公.開.信，其目的在於反.對美國堪薩斯州教育委.員會所通.過的壹項決議，該決議允許智能設計論和進化論壹道作為該校的科學課程，並具有等同的學分。智能設計論者“立論小心地使用世俗的詞匯，並刻意避免指出設計者的身份”，以規避美國.法.律對學校不得將神創論作為“科學知識”傳授的禁.令。亨德森針對“智能設計者身份不明”這壹方面，以子之矛攻子之盾，宣稱創世者是壹個飛行的面條怪物。
在公.開.信中，他要求飛行面條怪物信.仰的創世學說也成為自然科學課的正式教學內容。他在公.開.信中說：
1.我認為我們應該團結壹致，為三種理論在全國，乃至全球的自然科學課上取得相同課時而奮鬥：三分之壹的時間給智能設計論，三分之壹給飛行面條怪物信.仰，余下的時間給那個符合邏輯而有著壓倒性物證的推測學說（指進化論）。
2.我並不反.對宗.教。但是我反.對把宗.教裝扮成科學。如果有個上帝，而且他足夠聰明，那麽我認為他應該具備幽默感（意為上帝也能理解亨德森的行為）。
堪州教委起初並沒有對公.開.信做出反應。亨德森於是在他的個人網站上公布了公.開.信的內容。這件事立刻在網上引起關註。亨氏的犀利的反諷引來了眾多支持者。他們紛紛在亨氏的網站上以各種形式的反饋（如留言、發表相關藝術品、PS過的可以“證明”飛行面條怪存在的照片等）表示支持。很多部落客也紛紛關註這個事.件。在亨德森獲得了廣泛的輿.論關註後，堪薩斯州教委才對信件做出了回.復。亨氏隨後又發表了對回信的回.復。隨著支持者人數激增，亨德森開始在網站上出.售與其新創立的“宗.教”相關的商品，如恤衫、茶杯等。他推論說，因為美國總統喬治·布什和參議員比爾·福利斯特已經公開支持教授非進化論學說，因此他們也支持教授飛行面條怪物信.仰。
飛行面條怪物信.仰立刻登上諸如Boing Boing、Something Awful、偽基百科之類的惡搞網站的頭條。很多“教.徒”也紛紛成.立網站表示支持。此類網站如FSΜAwareness更激發了公.眾的興趣。當飛行面條怪物信.仰逐漸成為反.對智能設計論的新標誌時，主流媒體也意識到了它的意義，開始關註此事。《紐.約.時.報》等更進行了大幅報道。亨德森本人也驚異於他的“新宗.教”的威力，說他最初寫信的目的也不過是“為了自娛自樂”。
2005年8月，壹家支持神創論的網站設立了25萬美元獎金，給任何能證明進化是宇宙和生物誕生的“唯壹途徑”的人。為了諷刺這家網站，Boing Boing.網宣布懸賞25萬美元給任何能以經驗主.義證明耶穌不是飛行面條怪的兒子的人。獎金隨後追加到了100萬美元。
2005年11月，堪薩斯州教育委.員會投票通.過決議，允許“對進化論的各類反.對意見（包括智能設計論）”列入考.試標準。
2007年2月13日，堪州教委以6票對4票，否決了以上決議。這也是8年來，該州教委第五次修改關於進化論的考.試標準。
2015年12月，“飛.天面條神教”在丹麥獲得許可，註冊成.立分會。
2015年12月15日，曾有報道稱，新西蘭政.府向“飛.天面條神教”教.堂頒發了許可證，允許該教在國內主持異性或同.性婚禮。隨後新西蘭官媒《新西蘭公報》網站10日公布了這壹許可。
2016年2月，荷蘭政.府將“飛.天面條神教”認定為合法宗.教。