1、消化系統疾病：如克羅恩病、潰瘍性結腸炎、腸易激綜合征、結直腸腫瘤等因素均可導致小腹隱痛。
2、泌尿生殖系統炎癥：如膀胱炎、附件炎等。膀胱炎有尿頻尿急尿痛；附件炎多有月經白帶異常。
3、泌尿生殖系統結石：如尿道結石、膀胱結石，多發生在男性，除了有小肚子隱隱作痛的癥狀，還多伴有尿頻尿急，嚴重時可出現肉眼血尿。
4、泌尿生殖系統腫瘤：男性可有膀胱癌，女性可有卵巢癌、子宮肌瘤等。膀胱癌多有無痛性尿血；卵巢癌沒有特異性癥狀，有腹痛腹脹不適；子宮肌瘤除了小肚子隱痛，還可出現月經異常、陰道分泌物異常等。
長期小肚子隱痛需要引起重視，要註意觀察是否有發熱、血尿、血便、陰道出血等伴隨癥狀，及時就診，明確診斷，在醫生的指導下進行治療。