結局
人類作為18使徒最後對第3東京市發動總攻擊，人類的目的是要讓亞當和LILITH結合發動第3次沖擊，使所有生命體失去AT立場而同化，壹切還原成世界伊始的模樣，當然抱有這個願望的只有SEELE的老人們，老碇的也是想發動第3次沖擊，但他的目的是壹方面要和碇唯靈魂結合，壹方面成為新世界的神。但人算不如天算，LILITH選擇了老碇的兒子真治。
真治是所有廢柴男的始祖，嘴上說著不能逃避，實際上壹直在逃避。LILITH和他靈魂接觸，零波玲壹再確認真治的願望是什麽，結果這只死鴨子嘴硬的說這個世界不容納自己，幹脆把這個世界毀滅好了，順便把自己毀滅掉。於是LILITH發動第3次沖擊，瞬間人類死光。
然後在海岸，真治又發現人死光的世界並不是自己想要的世界，並對次感到恐懼，又希望壹切還原，這個時候碇唯的靈魂為完成兒子的願望展開AT立場脫離LILITH的結合，使LILITH死亡，人類補完計劃徹底失敗。最後真治和明日香躺在沙灘上，真治掐明日香是要確認她有沒死亡（官方解釋）。
明日香給了他壹個觸摸，最後說了句“真惡心”而不是“笨蛋”，也就是說明日香成為了真治希望的人，能夠理解寬容的對待自己。最後人類沒有死光，在補完計劃中失去AT立場變成LCL的人都能回來，碇唯說過：只要有想活下去的心，壹切生物都能還原其本來的形態。
作品評價
該片被認為是與《高達》、《Macross》齊名之作。並與《少女革命》、《機動戰艦》並稱為20世紀90年代三大禦宅族作品。對於Fans們來說，它不但留下了無數的迷題待解，也成就了壹個似乎永遠也補不完的騙錢神話。
《新世紀福音戰士》最開始是典型的機器人動畫，故事註重描寫戰鬥場景和人物對話。隨著情節推移，故事逐漸變成對人物內心世界的精神分析式的敘述，尤在結局數話更將此特點發揮到淋漓盡致。
該片中，革命性的強烈意識流手法，大量宗教、哲學意象的運用，使得它在日本掀起被稱為“社會現象”程度的巨大回響與沖擊，並成為日本動畫史上的壹座裏程碑。許多動漫欣賞者常視其為日本歷史中最偉大的動畫之壹。