我覺得主要的CP有柯哀、龍哀、快哀、GS（琴哀）、秀哀、光哀、探哀、新誌、白哀、夏哀、昴哀、不二哀、跡部哀等高人氣配對，另也有GL的哀青、蘭哀、園哀、步哀等。
柯哀
柯哀，日本動漫CP。人物來自推理類動漫《名偵探柯南》，意為希望動漫人物江戶川柯南和灰原哀在壹起的CP，簡稱柯哀，是日本人氣最高的CP之壹。柯南、灰原哀，兩人都是服用了APTX4869後身體變小，外表與心理相差十歲的人。
龍哀
龍哀是指《網球王子》中的越前龍馬+《名偵探柯南》中的灰原哀 。雖然這兩部動漫沒有直接的聯系，按照動漫裏的情節，兩位主角自然也不可能在壹起，但是哀迷和龍迷鑒於在動漫中自己喜歡的人物沒有好的歸宿，在壹些同人文或同人圖中便將這兩人撮合在壹起。（自然，大家都是希望自己喜歡的角色能夠有幸福的結局，所以並不是反對和柯哀迷、龍櫻迷，大家都有自己的想法嘛。）而從另壹個角度看，龍哀是壹對穿越CP這個問題，也許這樣壹幅流傳較廣的圖片可以給壹個有趣的解釋。
琴哀
琴哀源自日本動漫作品《名偵探柯南》 同人配對
“琴”其中人物：琴酒 (Gin)
“哀”其中人物：灰原哀(Haibara Ai)（Sherry）原名：宮野誌保（Miyano Shiho）
琴哀是BG向CP。
秀哀
《名偵探柯南》中赤井秀壹和灰原哀的配對，常被稱為秀哀或RS。在File.824
神秘列車·終點中，沖矢昴就是赤井秀壹在目前的劇情得到了確認，故而昴哀也是秀哀CP的壹個發展階段。
赤井秀壹是唯壹壹個會令哀產生興趣，不止壹次主動提起，並且想要會面的男人；而沖矢昴，則有幸成為哀第壹個稱呼名字部分的男人。
探哀
探哀，又稱探誌，是青山剛昌的作品《名偵探柯南》與《魔術快鬥》的壹部分漫迷們設定的CP。“探”即為白馬探，“哀”是灰原哀，“誌”則代表宮野誌保，這是哀的原名。
以上純屬個人觀點！