武三思之所以沒有因武則天的退位而遭遇清算，原因在於他是皇帝李顯的親家。再加上他與韋後、上官婉兒存有私情，所以其地位反而還變得越發顯赫。
神龍政變武則天得勢之後，身為其侄子的武三思開始受到重用。武三思此人也是頗為精通阿諛奉承之道，在面對武則天的男寵時更是甘願伏低做小，表現得十分諂媚。不過也正是因為這樣，武則天才會對武三思分外寵信，甚至還曾興起過將他立為儲君的念頭。不過武三思最終還是沒能成為儲君，因為武則天在狄仁傑的勸諫下將被廢的李顯給重新立為了太子。身為儲君的李顯後來發動了?神龍政變?，武則天因此被迫提前退位。
越發得寵武則天退位之後，朝中曾壹度爆發反武風波，但是身為武家人的武三思卻未受到這場風波的影響。不僅如此，他還變得越發得寵。武三思之所以能夠躲過清算且日益得寵，主要是仰賴他與李顯的親家關系。李顯於684年被廢之後曾被押送前往房州，而在此途中韋氏為他生下了壹個女兒，即李裹兒。李裹兒自出生便隨李顯遭遇軟禁，李顯也因此頗覺得愧疚，為此他對這個女兒分外疼愛。待李顯重新被立為太子後，李裹兒曾在武則天的做主下嫁給武三思之子武崇訓。因為這層關系，李顯非但不曾對武三思展開清算，反而還對武三思頗為寵信。
勾結韋後武則天在位期間，上官婉兒曾頗受其器重。而待武則天退位之後，李顯照樣對上官婉兒給予了重用。而武三思與這上官婉兒也是關系曖昧，之後他又在上官婉兒的牽線之下與韋皇後暗渡風月。李顯因為早年的軟禁經歷，對韋皇後十分放任，這也是韋後能夠幹政的主要原因。韋後既有幹政之權，那麽深受她寵信的武三思自然也就跟著受到了重用。
當時上官婉兒擁有草擬詔令之職權，而韋皇後又是當權之人，然後再加上武三思，他們三人的權勢可以說是只手遮天。野心勃勃的武三思後來還慫恿李裹兒請求李顯廢掉太子李重俊，改立她為皇太女。這壹請求遭到了李顯的拒絕，而李重俊則因此越發憎惡武三思。基於憎惡，李重俊後來聯合部分朝臣，率領禦林軍直接闖入武三思府邸將其誅殺。