公元前219年，秦始皇東巡到了山東沿海的瑯琊（今諸城東南），齊人徐福與壹些人士上書秦始皇，聲稱海中三座神山，請求秦始皇派童男童女和他壹起去求長生不老藥。秦始皇聽信了他的話，派數千童男童女乘船隨他出航。經過幾年，花去了許多費用，並沒有得到神藥。公元前210年，秦始皇再次巡幸瑯琊時，徐福恐怕受到責備，便編造謊言，說是蓬萊藥由於海中有大鮫魚，受到阻難，壹定要派善於使用連弩的射手去才能排除困難。這次秦始皇又派徐福率童男女3000人，裝載五谷種子、技藝百工下海。徐福航海到達日本本州和歌山。徐福及其船隊在抵達北九州的大島後，進入瀨戶內海，遠達紀伊半島。
徐福東渡日本的航路可能是從山東半島出發，穿過渤海口，抵達遼東半島，再沿朝鮮半島近海域抵達對馬海峽，經沖繩島入日本北九洲。徐福率領龐大的船隊，沿近海岸航行繞道而抵達日本表明，古代中國人近海遠航的技術和知識已趨成熟。日本和歌山縣新宮町附近迄今還有徐福古墓、古祠和徐福碑文，以紀念他率男女、攜種粒和耕作農具，開墾種植，養育後代之功。
徐福東渡日本是中國由大陸走向海洋的開端。
徐福等人在九洲島等地向日本土著民族傳播農耕知識和捕魚、鍛冶、制鹽等技術，還教給日本人民醫療技術等秦朝先進文化，促進了社會發展，深受日本人民敬重。日本尊徐福為“司農耕神”和“醫藥神”。和歌山縣、佐賀縣、廣島縣、愛知縣、秋田縣、富士山地區都有徐福活動的遺跡。佐賀、新宮等地神社都把徐福作為神來大會奉祀，每年都要舉行聲勢浩大的祭祀活動。為了弘揚徐福精神，中國、日本成立了全國徐福會，連雲港、龍口、膠南、滄州、蘇州、慈溪和新宮、佐賀、大阪、富士吉田、鹿兒島、東京等地也都成立了徐福會。近幾年，有關徐福論著和文藝作品不斷出版，有關徐福的劇目亦搬上了舞臺。衛氏《徐福入日本建國考》和彭氏《徐福即神武天皇》兩部書發表後，在日本學界和政界曾引起強烈反響，既有支持者也有反對者。反對者多為右翼分子和軍國主義者，支持者多為具有正義感和科學精神的學者，並由此形成了國際性研究和紀念“徐福千童百工集團東渡事件”的熱潮。日本各地先後湧現出90多個紀念徐福的組織，直接或間接地促進了日本各界對日本開國史的重新審視，發出重新編撰開國史的呼聲。在裕仁天皇之弟三笠宮殿下的支持下，1977年衛挺生《徐福入日本建國考》壹書在日本翻譯出版，至今尚無人提出系統有據的反駁意見來。
徐福在日本的地位很高。尤其日本各地民眾，稱徐福為“王”、為“禦”、為“彌生文化的旗手”，奉為豐收神、農耕神、紡織神、醫藥神、冶煉神、漁業神、造船神、水利神、殖產神等世代祭祀。
日本現有徐福陵墓5座，祭祀廟祠37座，因徐福登臨而得名的蓬萊山有13座，各種遺址和出土文物數以百計，各地歷代傳承和近代成立的徐福紀念組織和研究機構有90多個，祭祀節典和儀式多達50多個，以秦和徐為姓氏的有17個，出版相關著作50余部。《朝日新聞》刊登的調查結果說“氏子和信徒達 3400多萬個”，其中尤以佐賀、新宮、富士吉田為最。在這三個地方，祭祀徐福不僅是當地民眾的重要名勝，而且已發展成重要文化和旅遊產業。參加徐福祭祀和紀念活動的，不僅有工、商、學、軍和各界著名人士及民眾，還有政界官員，例如佐賀、新宮、富士吉田的縣長、議長、市長等就兼任當地徐福會會長。這些活動受到日本前首相羽田孜、三木武夫等人的支持。羽田孜還把自己的住所稱為“秦陽館”並刻匾懸於門首。
日本前首相羽田孜曾公開承認是中國秦始皇的後裔
其實很多日本人以前有中國姓，和韓國壹樣。
1994 年4月當選的日本首相羽田孜上任前，公開承認他是中國第壹個皇帝秦始皇的後裔。這使包括日本人在內的許多人十分震驚。他說他的祖先姓秦，在200年前才改為“羽田”，在日語中，秦字與羽田發音相同。他是率領3000童男童女從中國到日本的徐福的壹個隨員的後代。換句話說，這位首相承認自己具有中國血統。