我認為二者的區別如下：
南京南站和南京站的區別主要在於位置、線路和功能。南京南站位於雨花臺區，主要線路為仙寧、寧溶和京滬高鐵；南京站位於玄武區，主要線路為寧西、京滬和滬寧城際鐵路。功能上，南京南站是高鐵站，只停靠高鐵動車；南京站則是普高混合型火車站，主要停靠普速車，也兼顧高鐵動車。