1.過敏反應：
使用丹參及其制劑會使個別病人出現皮疹、胸悶、呼吸困難，甚至血壓下降、休克等各種過敏反應。某些藥廠生產的丹參註射液靜脈註射後過敏發生率較高，癥狀亦較重，可能與制藥技術有關。臨床上使用丹參特別是註射劑應特別註意過敏反應，盡量避免靜脈給藥。
2.輕度不適：
使用丹參及其制劑、復方制劑，有少數病人會出現口幹、頭暈、乏力、手脹、氣短、胸悶、心慌、心率加快以及胃腸道癥狀，壹般均較輕。長期服用者可發生胃痛、食欲減退等情況。如癥狀較重，則需停藥觀察。
3.用藥不當：
丹參有抗凝血作用，臨床用於治療心腦血管病、肝硬化、血栓性脈管炎等有瘀血癥狀者，其療效確實，效果較好。但應註意病人凝血機制情況，有出血傾向者慎用。服用丹參及其制劑出現皮下出血、牙齦出血者並不少見，亦有報道，大劑量服用該藥治療血吸蟲病肝脾腫大而出現上消化道大出血。凝血機制已有障礙的病變(如肝硬化)者長期使用丹參應特別慎重。長期服用復方丹參片可能引起低血鉀癥。
復方丹參滴丸屬於中成藥，副作用較小，如果沒有出現不可耐受的不良反應可以長期服用。