蘇聯解體後1992年斯坦尼斯拉夫·埃雷明(Stanislav Yeryomin)成為球隊新任主教練並帶領莫斯科中央陸軍連續九年稱霸俄羅斯聯賽。這壹時期歐洲賽場湧現出了壹大批有實力的球隊，但在埃雷明的帶領下球隊相繼擊敗了皇家馬德裏、巴塞羅那、奧林匹亞科斯等頗有實力的競爭對手恢復了蘇聯時代的強隊風範。1996賽季莫斯科中央陸軍時隔25年再次殺入FIBA歐洲籃球冠軍杯四強，雖然在半決賽中負於希臘的帕納辛納科斯俱樂部但在隨後的三四名決賽中他們擊敗皇家馬德裏獲得銅牌，這也是當時俄羅斯俱樂部在歐洲聯賽中創造的最佳戰績。 埃雷明也被評為當年度歐洲籃球冠軍聯賽最佳教練。1999年6月30日莫斯科中央陸軍的主力前鋒安德烈·基裏連科在當年的NBA選秀中以第壹輪第24順位被猶他爵士隊選中登陸NBA賽場。
在斯坦尼斯拉夫·埃雷明於2000年辭去主教練後球隊連續兩個賽季未進入俄羅斯聯賽半決賽，上壹次類似的情況發生於1959賽季。但這壹時期莫斯科中央陸軍在國際賽場的成績較為出色，球隊在2001賽季闖入歐洲籃球冠軍聯賽四強，2002年遺憾止步於八強。 2002賽季結束後莫斯科中央陸軍籃球俱樂部主席亞歷山大·雅科夫列維奇聘請了謝爾蓋·庫先科擔任俱樂部總經理決心重建莫斯科中央陸軍，庫先科為球隊制定了壹個“三年規劃”，即用壹年時間恢復球隊在國內賽場的主導地位，再用壹到兩年時間是球隊重新成為歐洲賽場的冠軍有力競爭者。為此球隊在2002賽季結束後進行了大換血。綽號“塞爾維亞籃球教父”的杜桑·伊夫科維奇擔任了球隊主帥，大約4500名球迷目睹他在俄羅斯賽場的首秀大規模的換血為球隊帶來了出色的成績，在2004-2005賽季莫斯科中央陸軍在所參加的64場比賽中取得了60場勝利並以31場全勝的戰績問鼎俄羅斯聯賽冠軍。2004年夏季球隊的兩大主力維克多·卡亞帕與謝爾蓋·蒙尼亞在當年的NBA選秀中以第壹輪第22順位和第23順位被新澤西籃網隊與波特蘭開拓者隊選中登陸NBA。
雖然球隊在伊夫科維奇的帶領下用了不到三年時間就確立了在俄羅斯國內與歐洲賽場的領先地位，尤其是2003-2004賽季球隊在歐洲賽場取得了42場勝利，但始終不能取得更高的突破。
與成年隊形成對比的是莫斯科中央陸軍的青年隊在這壹期間取得了令人印象深刻的勝利，尤其是球隊主力球員雅科夫羅夫·科羅廖夫在2005年夏天的NBA選秀中被洛杉磯快船隊以第壹輪第12順位選中創造了俄羅斯球員在NBA選秀中的順位紀錄。
2005年8月16日莫斯科中央陸軍俱樂部榮譽主席，球隊與蘇聯國家隊功勛教練亞歷山大·戈梅利斯基因病逝世享年78歲 2005年意大利人埃托雷·梅西納(Ettore Messina)成為球隊主教練，很快球隊就在他的調教下取得了長足進步，然而正當他們向著當賽季歐洲籃球冠軍聯賽冠軍邁進的時刻球隊主力大衛·安德森在對陣皇家馬德裏的比賽中腳踝嚴重骨折，由於缺少了絕對主力球隊與2004-2005賽季歐洲籃球冠軍聯賽冠軍擦肩而過。但在隨後的2005-2006賽季球隊取得了輝煌的戰績，他們不僅囊括了當年全國聯賽冠軍與俄羅斯杯冠軍同時在當賽季歐洲籃球冠軍聯賽決賽中擊敗以色列的特拉維夫馬卡比俱樂部奪得俱樂部歷史上的第五個歐洲冠軍。這也是時隔35年莫斯科中央陸軍再次捧起歐洲籃球冠軍聯賽的冠軍獎杯。
2007年夏天球隊又簽來了當時的“歐洲第壹小前鋒”立陶宛人裏曼塔斯·西斯考斯卡斯，後者隨即幫助球隊奪得了當年的俄羅斯全國冠軍。從2005年至2010年莫斯科中央陸軍連續五年殺入歐洲籃球冠軍聯賽最終四強(Final Four)並在2006年與2008年兩次奪得冠軍。 2010年夏天球隊進行了又壹次重建，俱樂部聘請了被譽為當年歐洲最有潛力教練的塞爾維亞人達斯科·烏尤舍維奇(Dusko Vujosevic)擔任球隊主教練。然而塞爾維亞人並沒有適應莫斯科中央陸軍，他帶隊取得的唯壹成就是帶領莫斯科中央陸軍在克利夫蘭擊敗了NBA克裏夫蘭騎士隊成為了第壹支在美國本土擊敗NBA球隊的歐洲球隊。 但在隨後到來的歐洲籃球冠軍聯賽中莫斯科中央陸軍始終不能找到比賽的節奏，球隊在小組賽中連續輸球。這樣的結果也導致了烏尤舍維奇被俱樂部解雇，由德米特裏·沙庫林(Dmitry Shakulin)從2011年11月至2012年2月間代理球隊主教練，球隊也歷史性的首次無緣歐洲籃球冠軍聯賽16強。2012年2月立陶宛教練尤納斯·卡茲勞斯卡斯成為了莫斯科中央陸軍的新主教練，雖然中央陸軍在當年的VTB聯賽決賽中失利但依舊獲得了俄羅斯聯賽冠軍。
慘淡的2010-2011賽季結束後球隊中僅剩下三位元老球員J.R.霍爾登(Jon Robert Holden)、特拉詹·蘭登(Trajan Langdon)以及馬特加斯·斯莫蒂斯(Matjaz Smodis)。
2011-2012賽季球隊在尤納斯的率領下整個賽季僅遭遇了五場失利，分別是對陣聖彼得堡斯巴達克、布爾寧克、加拉塔薩雷、畢爾巴鄂以及當賽季歐洲籃球冠軍聯賽決賽恥辱性的被希臘的奧林匹亞科斯絕殺。
2011-2012賽季後尤納斯辭去主教練職務，曾率領莫斯科中央陸軍兩奪歐洲冠軍的意大利人埃托雷·梅西納重新執掌球隊。2012-2013賽季莫斯科中央陸軍失去了尼基塔·庫爾班諾夫、阿列克謝·舍維德以及安德烈·基裏連科等，立陶宛小前鋒雷曼塔斯·西斯考斯卡斯也宣布退役。但球隊也引入了新援索尼·威姆斯、阿隆·傑克遜、佐蘭·埃爾塞格等。
盡管球隊在當賽季的國內聯賽中表現強勁但在歐洲賽場中央陸軍卻再壹次與冠軍擦肩而過，2012-2013賽季在倫敦的歐冠最終四強賽上球隊再次負於希臘奧林匹亞科斯，賽後球隊的希臘後衛塞奧佐羅斯·帕帕盧卡斯宣布退役。
2013年夏天莫斯科中央陸軍進行了比較大的人員調整，球隊先後從簽約了內線防守悍將凱爾·海因斯(Kyle Hines)、美國後衛傑裏米·帕戈(Jeremy Pargo)以及俄羅斯男籃主力後衛維塔利·弗裏德松(Vitaly Fridzon)。在2013賽季開始前球隊前往美國同NBA球隊進行了兩場熱身賽結果首戰中央陸軍加時擊敗明尼蘇達森林狼(108-106)，此戰加時惜敗聖安東尼奧馬刺(93-95)。莫斯科中央陸軍在2013年壹月前的各項比賽中取得了31連勝被認為是2013賽季歐冠冠軍的最大熱門，但遺憾的是球隊再壹次止步歐冠最終四強賽；國內賽場，球隊在VTB聯賽首輪0-2落後克拉斯諾達爾庫班火車頭籃球俱樂部的情況下實現大逆轉3-2晉級並在隨後以壹波9連勝奪得聯賽冠軍。
埃托雷·梅西納在2014賽季結束後離開球隊，俱樂部在2014年夏天做出了壹個驚人的舉動，他們聘請了年輕的希臘主帥迪米特裏斯·伊圖迪斯擔任球隊主教練，後者曾經在名帥澤利科·奧布拉多維奇手下擔任助教長達13年。伊圖迪斯上任後對球隊人員進行了較大的改動，內納德·科斯蒂奇以及弗拉基米爾·米佐夫轉投土耳其聯賽；表現難以令人滿意的傑裏米·帕戈被送回了馬卡比；俱樂部與特奧多西奇、威姆斯等主力續約的同時還從多倫多猛龍隊簽來了法國控衛南多·德科洛(Nando De Colo) 。