弊端主要有:三峽部分地區的文物會被淹沒,有些已經異地重建,有些永久沈入水下;其次是部分植被淹沒,改變了三峽壩區附近的生態和小氣候(不壹定都會變壞);三是讓支流的河水水位提高,對部分居民有影響,需要搬遷移民百萬人;四是地質不穩定地區可能有壹些泥沙卵石沖入河道,需要用沖沙的辦法排出(設計時已經考慮到).
總的來說,修建三峽大壩是利大於弊的.即使發生災害或者戰爭,它也不會成為壹個難題或者壹個充滿風險的戰略目標.因為它的下遊有三個巨大的急轉彎,可以防範大壩突然的破壞.