1. 南京地鐵3號線是南京地鐵第二條開通的過江線路，壹期工程由江北的林場站穿越長江，二期工程由南京南站延至江寧區的秣周東路站。
2. 南京地鐵S3號線是南京地鐵第八條開通的地鐵線路，也是南京地鐵第三條開通的過江線路。
3. 南京地鐵3號線的標誌色為薄綠色，而S3號線的標誌色是粉色的。
4. S3號線是粉色的列車，相對吵壹些，而3號線是綠色的列車。
5. 值得註意的是，S3號線原為17號線，後來改名，遠期規劃是通至安徽和縣。
總的來說，南京地鐵3號線和S3號線在開通時間、顏色、車型以及遠期規劃等方面存在壹些差異。