最常見的副作用就是迅速出現“上火”癥狀，如面紅、心煩、睡眠差或失眠、咽痛、血壓升高或頭暈等，甚至使病情加重或逆轉病勢。臨床上，壹般人經常單獨使用黃芪進補或壹次性大量進補，那是沒病找病或加重疾病的危險行為。使用黃芪進補，壹般要由少逐漸增加，邊服邊觀察有無上火的表現或身上原有疾病有無加重或是否出現悶、痛的感覺，壹旦有則應停用或配藥才能用;如果乏力、多汗或氣喘等癥狀減輕，精神和體力改善而又無上述副作用，可增加用量。更安全的辦法則是先用黨參，有效而無副作用後再加用或改用黃芪，使用黃芪時采用逐步加量的辦法，以身體能耐受而無副作用為度。最安全的辦法是配方使用。
三種腎虛，慎用黃芪
腎病屬陰虛，濕熱、熱毒熾盛者用黃芪壹般會出現毒副作用，應禁用。因為黃芪性味甘、微溫，陰虛患者服用會助熱，易傷陰動血;而濕熱、熱毒熾盛的患者服用容易滯邪，使病情加重。如果必須服用黃芪，壹定要配伍運用。
陰虛的表現：有手足心熱、口咽幹燥、腰酸腰痛、潮熱盜汗、失眠多夢、舌質紅無苔、脈細數等。濕熱的表現：有口苦、口幹、舌苔黃膩等。熱毒熾盛的表現：有各種化膿性感染，如痤瘡感染、咽部感染、腹膜炎等，表現為滿面通紅、咽紅、咽幹、咽痛、口苦口幹、唇舌紅絳、舌苔黃燥、脈滑數等。
陰虛患者使用黃芪，必須配伍養陰藥使用，如生地、熟地、玄參、麥冬、天冬、玉竹等。濕熱患者必須配伍清利濕熱藥，如黃連、茵陳、黃芩等。熱毒熾盛的患者必須配伍清熱解毒藥，如黃連、梔子、大黃、敗醬草等。
需註意用量
黃芪會加重上火的癥狀，又能止汗，故凡外感初起、無汗、食積內停、陰虛陽亢、熱毒熾盛者均不宜用。病人在服用黃芪時不可擅自加大劑量，否則高血壓等不良反應發生的幾率會明顯增加。 所以黃芪泡茶喝也要有個度。