1、學校主管方不壹樣。上海海事大學位於上海市，由上海市教育委員會主管，學校是由上海市人民政府舉辦的全日制普通高等學校，也是上海市教育委員會關於實施現代大學制度建設首批7所試點高校之壹。上海海關學院是中華人民***和國海關總署主管的唯壹直屬全日制普通高等學校，上海市博士培育建設單位和博士後流動站建設籌備單位。
2、專業不同。上海海事大學截止2023年5月設有三個校區，***有1300名專任教師，教授有近190名，在校生有近27000人，學校下設有商船學院等16個二級辦學部門，開設有52個本科專業。上海海關學院截至2023年4月設有8個教學院（部、系），分別為海關與公***管理學院、海關與公***經濟學院、工商管理與關務學院、海關法律系、海關外語系、公***教學部、馬克思主義學院和檢驗檢疫技術交流部等，學校***設置了11個本科教學專業。