001 雲霄飛車殺人事件 (琴酒 、伏特加出場，工藤新壹喝藥變小。大幕拉開)
002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道身份）
043江戶川柯南誘拐事件(父母知道變小)
048~049外交官殺人事件(服部平次登場，第壹次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
057~058福爾摩斯迷殺人事件(平次知道身份)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑暗組織浮出水面）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇） （皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場）
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （茱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 詭密的乘客（上集） （赤井秀壹出場，形勢復雜）
231 詭密的乘客（下集）
242元太的災難（提到GIN是左撇子)
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集） （灰原被懷疑，形勢危急）
272 急忙掩飾的忽略（下集）
277 英語教師VS西部名偵探（上集）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）（發現克裏斯就是美國已故大明星莎隆.賓亞德的女兒。）
286 工藤新壹紐約事件（事件篇）
287 工藤新壹紐約事件（推理篇）
288 工藤新壹紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮成殺人魔登場，赤井秀壹對其進行追蹤）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下壹集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（柯南得知組織在雇傭電腦工程師編寫壹個神秘的系統軟件）
329金錢買不到的友情（上集）
330金錢買不到的友情（下集）(本集中提到了灰原的父親：宮野厚司。是阿笠博士的舊識。)
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（前篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）
340 廁所裏隱藏的秘密（前篇）
341 廁所裏隱藏的秘密（後篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓墻後的照片）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡爾瓦多斯出場，被赤井打斷腿後自殺，第壹次對決暫告段落）
346 尋找P股上的印記（前篇）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）（真新出醫生回歸）
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號被發現，鬥爭新動向）
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
430 無法回到從前的兩人(後篇)
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事詭異，引起柯南註意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始 （最精彩的壹個系列，不可不看）
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 （第二次對決，赤井秀壹疑似犧牲，水無憐奈身份受到懷疑）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈傳遞信息，組織排出壹名代號為波本的偵探。沖矢昴出場，新壹輪對決即將開始）
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新壹VS沖矢昴
542 讓魚兒消失的壹角巖(前篇)
543 讓魚兒消失的壹角巖(後篇)（沖矢昴的言語直逼灰原）
值得壹提的是，004在漫畫版中與動畫版中不同。漫畫版中那兩個人就是琴酒和伏特加，柯南偷聽了他們的對話而得知他們的代號。然而動畫版卻改成了兩個長相相似的人，後來動畫版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代號。這成了柯南動畫版劇情的壹個漏洞，但已經沒法彌補了。而且在漫畫的“奇怪的尋親殺人事件”中，宮野明美被琴酒殺害，而動畫版改成了被警察逮捕。
另外第五部劇場版“向天國倒計時”中琴酒和伏特加也出場了，他們殺死了背叛組織的電腦工程師原佳明，並試圖追殺雪莉，但是沒有殺成。
第十三部劇場版“漆黑的追蹤者”中琴酒、貝爾摩德、伏特加再度登場。根據劇透另壹名登場的組織成員代號為愛爾蘭。
內容簡介（按時間順序，並非劇集順序）
*身為女明星的莎朗和工藤有希子壹起向魔術師黑羽盜壹（即怪盜基德的父親，第壹任怪盜）學習易容術，兩人因此相識
*真實身份為黑衣組織殺手的莎朗殺害了壹直在調查組織的FBI探員，即朱蒂的父親，並放火燒了朱蒂的家以毀屍滅跡，只有年幼的朱蒂幸免遇難，並被她父親的同事以“證人保護計劃”保護起來
（莎朗對小朱蒂說的"A secret makes a woman woman”（秘密會使人有女人味）令她印象深刻）
*新壹和蘭到紐約遊玩，有希子招待他們看百老會的歌劇“黃金蘋果”，在劇院門口兩人遇見並認識了莎朗，但是在歌劇開演前莎朗借口有事先行離開。歌劇中發生謀殺案，新壹協助破案後，有希子留下錄口供，讓兩人先乘taxi回酒店。路上兩人為找莎朗給蘭的手帕而下車，蘭先是遇見了正在追捕銀發殺人魔的赤井秀壹，後又在廢倉庫遇見正在逃亡中的受傷的銀發殺人魔。銀發殺人魔在想將兩人滅口時因欄桿斷裂而從高處掉落，被蘭和新壹所救，事後銀發殺人魔被發現自殺，但是可疑的是現場所有的痕跡都被抹去。 （286 工藤新壹紐約事件 銀發殺人魔為貝爾摩德假扮 毛利蘭初見赤井秀壹）
*莎朗假造了自己的死亡，並以自己的女兒克裏絲的身份繼續生活下去，在組織裏代號是”貝爾摩德”（Vermouth即苦艾酒）
*新壹被黑衣組織攻擊，並被琴酒強行灌藥而變成了柯南
*漫畫版的新幹線爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代號
*漫畫版中的奇怪的尋親殺人事件中宮野明美被琴酒殺害，但動畫版改成了被警察逮捕。
* 電玩公司殺人事件 柯南偶遇黑暗組織的成員龍舌蘭，但是他被炸死
*黑暗組織10億搶劫事件 哀的姐姐宮野明美被殺害
*來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 哀逃離組織並寄住阿笠博士家
*黑暗中的死角殺人事件，新出明智的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案
*與黑暗組織的再會 哀被組織成員匹斯克綁架，後在柯南的協助下逃脫，匹斯克因身份暴露被琴酒滅口
（當時貝爾摩德也在現場，事後熄影並在日本定居下來。由於哀感覺當時有其他組織的成員在場，事後柯南開始懷疑她也是組織的壹員）
* 貝爾摩德制造車禍企圖害死新出明智壹家，並開始假冒新出明智的身份。另壹方面，長大的朱蒂加入了FBI，追查貝爾摩德來到了日本，在察覺了貝爾摩德的企圖後暗中救下新出明智，並且自己以帝丹高中英語老師的身份潛伏下來，以便於監視
*危命的復活，柯南變回新壹並化妝成黑衣騎士與蘭見面，被化身成新出的貝爾摩德以及朱蒂老師發現
*格鬥遊戲的陷阱 朱蒂與柯南相識，並看見他借助園子破案（這是朱蒂的首次正式登場，顯然她發現了柯南不簡單，並且可能已經知道了內幕。）
*神秘的乘客 本集剛開始時琴酒和貝爾摩德的壹段戲就表明了本集和主線有關。少年偵探團和博士壹行在公車上遇到壹起去美術館的朱蒂和新出，這時哀感到車上有組織的成員變得非常害怕，後來公車被強盜劫持，雖然最後在眾人的努力下強盜被抓，但是哀留在快爆炸的車上想壹死了之，最後被柯南所救。 （現在看來哀感覺到的組織成員就是貝爾摩德，而朱蒂與她在壹起應該是為了監視其行蹤，好在在柯南的掩護下無論是朱蒂或是貝爾摩德都沒有發現到哀。同時，本集也是赤井秀壹的第壹次正式登場，在最後他的報告表明他正在監視什麽人（現在看來應該是協助朱蒂監視貝爾摩德）
*柯南等人認識了來自芝加哥的老人”詹姆士·布萊克”，後來他被誤認為是某名人而遭綁架，後在柯南的協助下被救，並被赤井接走
*佐藤警官去和白鳥相親，最終高木在柯南的幫助下成功阻止（本集唯壹值得註意的是柯南是利用新出來達到冒充高木的目的的，但新出（貝爾摩德）幫助他圓了謊，這表明了貝爾摩德這時候已經知道了柯南=新壹的秘密，原因可能是身為有希子好友，她很可能見過新壹小時候的照片，因此發現了這個秘密，當然，他仍然誰也沒告訴。另外從這壹集開始新出出場的次數開始頻繁，暗示他是與主線相關的人物）
*犯罪的紀念品事件（案件本身無關緊要，與主線有關就是目暮提到與毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。偷案卷的是貝爾摩德，主要目的是了解與新出相關的那個案件（可惜仍然遺漏了細節），將相關案卷都偷走就是為了誤導FBI她的目標和毛利有關，在故事的最後有赤井監視毛利偵探所的畫面，表明了FBI果然將註意力轉向毛利，同時我們也進壹步被青山誤導）
*方塊三角事件，柯南又壹次在朱蒂面前破案（案件本身仍然無關緊要，這壹集有幾點值得註意：壹是朱蒂在談話中暗示柯南其身份已經暴露，並且提到了FBI。二是在案件中蘭回想起自己曾經見到過”帶黑色針織帽的男子”（即赤井秀壹）；最後就是在故事結尾貝爾摩德發郵件給GIN，提到了雪莉酒，並且向打了叉的宮野誌保（即哀）的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片。個人認為這個時候貝爾摩德正式接到組織追殺哀的指令）
*西部名偵探vs英語老師，案卷的丟失讓柯南很不安，他基本肯定了克裏絲是組織的成員，並進壹步懷疑朱蒂=克裏絲，剛巧趕來的服部對此很感興趣，於是鼓動柯南去朱蒂的公寓試探，在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對朱蒂的試探未果。（這壹集的重點就是在最後朱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩德的壹模壹樣，按照後來的說法，這是朱蒂曾潛入新出（即貝爾摩德）的房間，發現相關的照片後復制的，同時朱蒂也借此知道了貝爾摩德的目標是哀，不過當時這些照片的出現，顯然給了我們朱蒂=貝爾摩德的很大的誤導。另外柯南最後說的除朱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出）
*中華街雨中的似曾相識。承接前面蘭回憶起“戴黑色針織帽的男子”，通過蘭在發燒病倒時的回憶倒述了黃金蘋果事件（具體見前）
*無聲的證據，小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員tequila接觸的對象。最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索--板倉的日記（案子的最後柯南和蘭遇到了赤井秀壹，提到了宮野明美）另外借此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇
柯南通過板倉的日記了解到了黑暗組織的行蹤，並試圖冒充板倉與伏特加接頭，但是被Gin識破而失敗（雖然是和黑暗組織的較量，但是和主線劇情的關系並不大（感覺Gin和伏特加都被排除在主線之外了），唯壹的影響就是最後柯南和哀離開，時“恰巧”被赤井看到，好像哀也對此有所感覺。另外板倉的日記中提到黑暗組織的龐大計劃甚至影響到人類的前途，看來我們的柯南離“拯救世界”的老套不遠了）
*金錢買不到的友情 （劇情本身和主線無關，但是在開始時，阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是壹個很有名的瘋狂科學家，而母親賀利娜是壹個英國留學生，並且黑暗組織可能正在從事讓死人復活的計劃）
*黑暗中的圈套，少年偵探團遇到殺人事件，柯南協助解決。其中值得註意的是在故事的整個過程中柯南和哀都感覺到自己被人跟蹤，不過跟蹤者最後被迫放棄 （最後赤井秀壹的出場，表明跟蹤他們的人是FBI，由於哀與照片中的人物相似，因此FBI猜測她就是貝爾摩德的目標。另外最後赤井對著哀的照片說了壹句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常聯系，也不是經常互通信息）
* 四輛保時捷 哀得了感冒發燒，博士和柯南送他去醫院，但在停車場遇到命案而被阻，後來又遇到購物中的蘭、園子和朱蒂，發現他們行蹤的赤井秀壹也跟蹤而至，最後柯南解決了案件，但是博士卻借朱蒂的車將哀送回了家，並找來新出醫生給哀看病。故事的最後出現了貝爾摩德將哀的照片燒毀，並說“準備好了嗎？我發現了，我去找妳了”的畫面 （這下哀可算是徹底暴露了，貝爾摩德和FBI雙方都知道了她的住址，貝爾摩德還在博士家安了竊聽器）
*博士帶柯南和哀去訪問哀的父親生前的好友，設計師出島壯平，試圖了解更多關於哀的父親的事。當然在設計所免不了又發生命案，柯南在破案的同時，也找到了由哀的姐姐設法藏在設計所的，哀的母親留給哀的錄音帶。（哀的母親在留給哀的19歲的錄音中應該提到了某件驚人的事情，不過出於青山愛賣關子的癖好，我們對此仍壹無所知。另外在故事的最後，貝爾摩德打電話找組織成員”卡爾多瓦斯”（即蘋果酒）來幫忙，正策劃著某項行動）
PS：這位卡爾多瓦斯可算是組指出場成員中最黴的壹個，連個臉都沒露，話沒說半句就掛了。
*朱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務（顯然是也將有所行動），不過在蘭和園子到朱蒂家中開Party時，蘭意外發現了鏡子背後的照片。
*貝爾摩德策劃了幽靈船活動，邀請了小五郎、新壹和Gin，試圖調開柯南而刺殺哀；朱蒂了解到了這個計劃，搶先壹步接走哀並試圖將貝爾摩德引入陷阱，但是貝爾摩德已經知道了這個陷阱，並將計就計作了安排；另壹方面，柯南邀請服部化妝成自己赴會，而自己在母親有希子的幫助下化妝成哀試圖和黑衣組織接觸；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟蹤眼鏡跟蹤前往；最後，蘭因為想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽車的後備箱裏。。。。真是錯綜復雜，其間各方勢力相互沖突，各個密底紛紛揭曉，形勢幾變，具體情節這裏也不詳述了。最後貝爾摩德還是逃脫了赤井的追捕，也又壹次放過了柯南，並且向Gin隱瞞了柯南和哀的事，而朱蒂設法瞞過了蘭，蘭仍然壹無所知。（柯南知道了黑暗組織BOSS的郵箱地址，即“七個孩子”的曲子）
*柯南等人去壹鋼琴世家，調查“七個孩子”的曲子
*小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾壹事，便與柯南及蘭壹同前往憐奈的家。 小五郎等人雖然抓到了犯人,但此時，柯南卻從安裝的竊聽器中覺察到憐奈實際是黑色組織同黨壹事。 隨後，黑色組織制定了於下午1點在edayP暗殺壹個代號為DJ的人的計劃。遭到FBI與柯南的阻止，水無憐奈受傷，昏迷不醒。
*貝爾摩德去水無憐奈出事目擊者家，得到柯南註意。
*小蘭的新同班同學本堂瑛佑總給柯南不好的感覺，四處尋找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海與水無憐奈長相壹摸壹樣，但是血型不對。黑暗組織四處尋找水無憐奈，得到FBI幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒，被本堂瑛佑襲擊後不得不說出真實身份，原來水無憐奈為CIA的臥底，水無憐奈答應赤井秀壹重新返回組織，但是接到的第壹個任務就是殺死赤井秀壹。赤井秀壹疑似犧牲。
*水無憐奈向茱蒂透漏情報，組織排出了壹個厲害的偵探波本。工藤新壹的房子裏搬來新房客，名為沖矢昂。據灰原哀反應來看此人來頭不小。他到底是組織的臥底波本還是重生的赤井秀壹？