1、性質不同
深圳安居房是當地政府根據國家安居工程政策而建設的住房，主要面向人均居住面積低於4平方米的特困家庭，主要以價格低於成本+政府補貼來出售的非盈利性質住房。而經濟適用住房雖然是國家計劃組織實施建設的，但還是由房地產開發企業、集資建房單位等來建造出售的，具有經濟性、實用性、保障性等特質，是社會保障性質商品住房。
2、申請條件不同
不管是安居房，還是經濟適用房，都是要符合相關條件才能申請購買，其中安居型商品房的申請要以家庭為單位，其申請人及***同申請人要擁有深圳市戶籍，在當地有繳納滿5年的社保，並且沒有享受過相關的購房優惠政策等，若是單身居民想要申請購買的話，年齡要在35周歲以上才行。而申請經濟適用房的條件比較不固定，基本上每個時期的政策都有不同。
3、出售繳納費用不同
購買的經濟適用房與安居房出售條件和費用都是有所不同的，雖然兩者都是要在房產證滿五年後才能出售，但是出售時要繳納的土地出讓金都是有所差別的。
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