醫院設有43個臨床科室、8個醫技科室。婦科為國家衛計委內鏡與微創技術培訓基地；影像醫學、老年病科、癲癇診療中心為山東省醫藥衛生重點學科；急診科為山東省臨床重點專科；臨床中毒研究實驗室為山東省醫藥衛生重點實驗室；中醫科為山東省中醫藥重點專科建設單位；普外科、腫瘤科、神經內科為山東省臨床重點專科建設單位；神經內科、胸外科、急診醫學科、麻醉科、消化內科、醫學影像科、骨科運動醫學科是泰安市醫學重點學科，燒傷科為泰安市醫學特色專科；外科學為泰山醫學院“十二五”校級強化重點學科。