1.信息中心
組織信息系統建設，實施信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網絡和綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控儀器的推廣、應用及技術培訓。
2.代理服務中心
制定後勤服務和行政事務的規章制度和管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織和管理；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責局內安保、房產管理、綠化、職工醫療等工作。
3.培訓中心
負責國稅幹部的崗位培訓、崗前培訓和業務培訓。
培訓中心由新疆國家稅務局烏魯木齊培訓中心、新疆國家稅務局伊犁培訓中心、新疆國家稅務局喀什培訓中心組成，級別為副處級。
4.稅務科學研究所
組織、指導和協調全系統的稅收研究工作；完成上級下達的研究課題和任務；組織全系統稅收科研成果的鑒定和推廣；跟蹤經濟和稅收形勢的發展變化，及時為領導決策提供科學依據；組織相關稅收研究成果的評選和獎勵；承擔稅務學會秘書處的日常工作。
5.新疆註冊稅務師管理中心
新疆註冊稅務師管理中心為處級事業單位。註冊稅務師管理中心的主要職責:貫徹國家有關法律、法規和規章，制定具體實施辦法；負責組織註冊稅務師資格考試、註冊和年檢；負責稅務代理執業的審核、審批和監督、管理、檢查；負責註冊稅務師的後續教育和稅務代理從業人員的業務培訓；負責註冊稅務師協會的日常管理工作。