截至2013、10年底，學校擁有博士學位授權壹級學科2個，博士學位授權點15個，臨床醫學、中醫學、中西醫結合、護理、藥學、中藥學6個壹級學科，碩士學位授權點42個。有中醫學、七年制中醫學、針灸推拿學、中西醫臨床醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、市場營銷、護理、公共企業管理、醫學影像(醫學影像技術)、食品科學與工程、生物醫學工程、康復治療、信息管理與信息系統、醫學實驗技術、醫學檢驗技術等。
截至2013年4月，學校擁有7個福建省重點學科:中西醫結合、護理學、康復醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、中醫學；福建省有兩個特色重點學科:中西醫結合和臨床醫學(康復醫學方向)；截止2010，165438+10月23日，學校擁有1福建省國家重點學科:臨床中西醫結合。國家中醫藥管理局福建中醫藥大學重點學科(截至2011)傷寒學中醫文獻方劑學診斷學中醫脾胃病中醫骨科康復學中醫護理針灸化學中醫臨床內科學中醫急診醫學中醫保健推拿中醫分析臨床中醫基礎中醫心理學中醫預防醫學科設置。
福建中醫藥大學中醫學院、福建中醫藥大學中西醫結合學院、福建中醫藥大學藥學院、福建中醫藥大學骨科學院、福建中醫藥大學管理學院、福建中醫藥大學思想政治理論課教研室、 福建中醫藥大學護理學院、福建中醫藥大學體育系、福建中醫藥大學康復醫學院、福建中醫藥大學海外教育學院、福建中醫藥大學成人教育學院、福建中醫藥大學第壹臨床醫學院、福建中醫藥大學第二臨床醫學院、福建中醫藥大學第三臨床醫學院、 福建中醫藥大學海外教育學院、福建中醫藥大學繼續教育學院、福建中醫藥大學成人教育學院
相關機構
福建中醫藥大學教育發展基金會、福建中醫藥大學附屬人民醫院、福建中醫藥大學附屬第二人民醫院、福建中醫藥大學附屬廈門中醫醫院、福建中醫藥大學附屬福州中西醫結合醫院、福建中醫藥大學附屬泉州醫院、福建中醫藥大學附屬漳州醫院、 福建中醫藥大學附屬寧德醫院、福建中醫藥大學附屬三明中西醫結合醫院、福州福清衛生學校、福建省中醫藥研究院、福建中醫藥大學國際培訓中心、福建中醫藥大學屏山制藥廠、福建中醫藥大學資產經營有限公司。
學校1998、2000年、2002年、2006年、2009年五次被福建省委、福建省人民政府授予“文明校園”榮譽稱號。2002年和2007年，學校兩次在教育部組織的本科教學水平評估中獲得“優秀”。2003年成為福建省人民政府建設的八所重點大學之壹。2011被評為“全國中醫藥文化建設先進單位”。
2010 12、學校順利通過教育部專家組中醫專業試點認證。學校有康復護理學、中醫診斷學、中醫骨傷科學基礎3門國家級精品課程；兩個國家教學團隊，即中醫康復和中醫診斷學教學團隊；4個國家級專科，分別是中醫、針灸推拿、中西醫護理和臨床醫學；1國家級雙語教學示範課程——經絡穴位學；1國家人才培養模式創新實驗區——中醫藥人才學習創新實驗區。截至2013、10，學校擁有國家(局級)三級科研實驗室8個，省級重點實驗室2個。國家中醫藥管理局三級科研實驗室病理生理學實驗室針灸生理學實驗室骨重建生物力學實驗室中醫康復技術實驗室分子生物學實驗室中藥藥理學(細胞結構與功能)實驗室中醫細胞生物學實驗室省重點研究室福建省中西醫結合老年病重點實驗室福建省運動功能康復重點實驗室
截至2013，論文資源總量達到1053000份；各類學術電子資源容量達到38TB，文獻資源基本覆蓋學校所有學科。線裝古籍約1662種，9923冊(其中古醫籍約1400種，8000冊)，其中以陳修園、宋慈、楊世英、鄭奮揚等福建古代名醫的80種著作最具特色。福建地域特色文獻12種，390多卷。
學校另有期刊《福建中醫藥大學學報》，主要刊登中醫藥研究和中西醫結合的新成果、新理念、新技術、新方法和臨床經驗。為弘揚中醫藥文化，追蹤科技前沿信息，2006年，學校開設了“岐山講壇”，先後聘請了陳可冀、陳開先等著名專家學者作學術專題報告。
學校與美國、德國、澳大利亞、日本、馬來西亞、臺灣省、香港等國家和地區的大學、研究和醫療機構及學術團體建立了穩定的合作關系。