省聯社的主要職能是:制定全省農村信用社改革發展規劃並組織實施；制定行業自律管理制度並監督實施；引導農村信用社完善法人治理結構，建立規範有效的管理機制，完善內控制度，創新服務方式，拓展新的業務領域；組織電子化和綜合業務網絡的建設和管理，提供信息咨詢服務；指導和督促農村信用社依法選舉董事、監事和聘用主要管理人員，負責農村信用社、農村合作銀行董事(董事長)、行長的審核和提名；負責組織和指導全省農村信用社員工培訓工作；組織農村信用社之間的資金調劑和融資，辦理或代理農村信用社的資金清算和結算業務，參與資本市場，為農村信用社融資；協調相關各方關系，維護農村信用社合法權益。省聯社不具體從事存貸款業務。
省聯社根據履行職能和發展業務的需要，按照精簡高效的原則設置內設機構。設置辦公室、人力資源部、財務會計部、經營管理部、審計部、監察安全部、科技信息中心等內設機構，設置資金結算服務中心等直屬單位。