市級專科學院重慶醫學專科學院、重慶優質護理服務先進病房、重慶醫科大學第壹附屬醫院骨科指導單位、第三軍醫大學西南醫院、大坪醫院、華西醫院骨科協作單位。設有骨科壹病區、骨科二病區、骨科三病區，以經皮椎體成形術聯合藥物治療老年壓縮性骨折、後路微創內固定治療胸腰椎骨折、經皮微創治療腰椎滑脫、後路椎間盤切除術、椎間融合內固定、人工全膝關節置換術、人工肩關節置換術、關節鏡手術、經皮微創治療四肢長骨骨折、皮瓣轉位治療四肢皮膚缺損為特色。
重點專科建設單位有全國婦女文明示範崗、全國危重孕產婦監測單位、重慶市重點專科建設單位、重慶市優質護理服務先進病房、墊江產科急救中心、婦產科技術培訓單位。
婦科病房以宮腔鏡、腹腔鏡、經陰道微創技術為特色，常規開展各種開放性婦科手術，以宮腔鏡、腹腔鏡為特色，開展癌前病變篩查(CIN)、不孕癥檢查與治療、子宮內膜息肉切除術、黏膜下肌瘤切除術、子宮縱隔切除術、子宮內膜切除術、宮內異物取出術、宮內避孕環嵌頓術等腹腔鏡附件手術、全(次)子宮切除術、子宮肌瘤和卵巢腫瘤切除、宮頸癌根治術、經陰道子宮切除術、粘膜下子宮肌瘤切除術、輸卵管造口術、輸卵管再通術、陰道縮窄術、處女膜修復術等微創技術。產科病房以愛嬰醫院“兒童第壹，母親安全”為宗旨，承擔全縣及周邊縣危重孕產婦的救治，主要開展孕婦常見病、妊娠期高血壓疾病、妊娠期肝內膽汁淤積癥、妊娠期糖尿病、ABO(RH)溶血、妊娠及圍產保健、高危妊娠監護、難產分娩、新式剖宮產、新生兒常見遺傳代謝疾病篩查、新生兒聽力檢查、產後康復等監測及相關治療。孕婦學校定期開展健康教育、心理咨詢和育兒指導。
醫學實驗室
重慶市重點專科建設單位，墊江縣重點醫學專科，重慶市青年文明號，重慶市勞動模範之家，科室下設常規、生化、免疫、微生物、分子生物學檢驗等五個子專業組，臨床基因擴增檢驗實驗室通過衛生部技術評估。
開展常規檢測300余項，專項檢測近100項，以衣原體抗原、支原體培養/藥敏、D-二聚體、糖化血紅蛋白(HbA1C)、高敏C反應蛋白、細菌性陰道病、性激素、血液流變學、輪狀病毒、腫瘤標誌物為特色。優質高效為臨床和患者提供及時、客觀的檢查和診斷依據。國家中醫特色專科學校，重慶市“十二五”重點針灸學院建設單位，重慶市“刺絡印血治頭痛”推廣培訓單位，以放藥刀、全息穴位埋線、舌針、耳針、篷針、艾灸、刮痧、中藥敷貼、神經阻滯、骶管註射、藥氧、臭氧自血療法為特色。
急診醫學部
重慶市重點大學創建系。由診斷區、搶救區、輸液觀察區和急診監護病房(EICU)組成。負責危重病人的搶救，如氣管插管與機械通氣、深靜脈置管與腸外營養技術、各種中毒專科、各種嚴重創傷病人、各種突發事件或大規模集體中毒的搶救。緊急醫療服務系統。院前急救-急診室治療-ICU治療。
市級特色學院建設單位，縣重點學科，重慶特色學院創建單位。消化內科以消化系統疾病的專科治療和疑難危重疾病的治療為主，包括ERCP、括約肌切開術、膽總管切開球囊清洗術、鼻膽管引流和支架植入術。粘膜剝脫術、NBI(窄帶成像)技術、膠囊內鏡、食管胃靜脈曲張結紮術、食管胃靜脈曲張硬化治療、胃等徑動脈破裂出血的內鏡結紮術和止血術、胃鏡下食管支架植入術、食管狹窄的球囊擴張和Saxhlet擴張術、胃鏡下空腸營養管置入術、胃鏡下異物取出術、胃腸息肉和腺瘤高頻電療術、腹水超濃縮回輸術、14C。