負責文電、會議、機要文件、保密、統計、信訪、新聞宣傳、政務公開、應急管理、綜合治理、資產管理等方面的制度建設、綜合協調、監督檢查；指導本系統的信息化建設；組織與食品、藥品、保健食品、化妝品監督管理相關的國內外交流與合作。
(2)政策法規司。
參與起草食品藥品監督管理方面的地方性法規和政府規章；承擔規範性文件的合法性審查、協調和備案工作；承辦行政執法監督聽證；承辦相關的行政復議、行政訴訟和賠償；承擔食品藥品監督管理相關重大政策的調研和起草工作；指導全省食品藥品監督管理機構行政管理和法制建設。
(3)食物牌照事務處。
承擔食品、化妝品衛生許可管理工作；擬訂消費領域保健食品、化妝品和食品衛生許可的相關規範和標準，並監督實施；依法承擔化妝品新原料使用和特殊用途國產化妝品生產的初審工作。
(4)食品安全監管部門。
負責消費中食品安全的監督管理；制定食品、保健食品、化妝品在消費環節的安全管理標準並監督實施；依法組織、實施、監督和指導消費環節食品、保健食品、化妝品安全狀況的調查和監測，發布監管相關信息；審查和監督食品和化妝品廣告；指導和監督全省餐館、食堂等消費領域食品安全事故的處理工作。
(5)藥品註冊處(中醫藥和民族醫藥監管處)。
監督國家藥品標準、《直接接觸藥品的包裝材料和容器目錄》、藥用輔料、醫療機構制劑標準和註冊的實施；監督藥物非臨床研究和藥物臨床試驗質量管理規範的實施；組織實施中藥和民族藥的監督管理和質量標準；執行國家中藥材品種保護制度和非處方藥目錄；組織制定和修訂中藥材(民族藥材)地方標準和中藥飲片炮制規範。
(6)醫療器械監管辦公室。
承擔全省醫療器械研制、生產、流通和使用的監督管理工作；監督醫療器械國家標準的實施；實施醫療器械產品分類管理目錄；承擔第壹類、第二類醫療器械產品的註冊和監管工作；監督醫療器械臨床試驗、生產經營質量管理規範的實施和生產質量體系認證；監督醫療器械生產經營許可；發布醫療器械質量公告；審查和監督醫療器械廣告；組織醫療器械不良事件的監測、再評價和消除；依法承擔醫療器械互聯網信息服務和交易的監督管理。
(7)藥品安全監督辦公室。
組織實施國家藥品分類管理制度；參與實施國家基本藥物制度；監督醫療機構中藥材生產、藥品生產和制劑質量管理規範的實施；承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品和精神藥品、藥品類易制毒化學品和藥源性興奮劑的監督管理；承擔藥品生產、醫療機構制劑等許可的監管工作；組織藥品不良反應的監測、再評價和消除。
(8)藥品市場監督所。
監督藥品經營質量管理規範的實施；依法負責藥品批發零售連鎖經營許可和藥品市場秩序的監督管理；監督處方藥和非處方藥分類管理的實施；發布藥品質量公告；審查和監督藥品廣告；依法承擔藥品互聯網信息服務和交易的監督管理。
(9)計劃財務部。
負責省食品藥品監管部門專項資金和國家、省投資項目的申報、監督和管理；制定局機關和直屬單位的財務管理制度並組織實施；綜合管理各類資金、資產產權和政府藥品檢測設備采購；編制部門預決算，負責局機關及所屬單位財務會計制度建設、資金(資產)管理監督和績效評價；負責局機關系統行政事業性收費和罰沒收入的監督管理和內部審計。
(10)人事部門。
負責局機關的組織、人事管理、勞動工資、教育培訓等工作，指導直屬事業單位的上述工作；擬訂全省食品藥品監管系統教育培訓規劃、人才隊伍建設規劃和規章制度，會同有關部門指導實施；實施執業藥師資格認可制度；負責組織藥學專業技術職務的評審。
機關黨委負責局機關和直屬單位的黨群工作和目標管理。設立機關黨委辦公室。
離退休幹部辦公室負責局機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
紀檢監察機構省紀委派駐省美國食品藥品監督管理局紀檢組，省監察廳派駐省美國食品藥品監督管理局監察室。有4名行政人員。其中，紀檢組長1人，監察室主任1人。