(1)辦公室。
組織協調機關辦公的日常工作；負責相關文件起草、重要會議組織、文電處理、秘書事務、機要信息、檔案、安全、新聞發布、政府信息和信息化建設、政務公開等工作；承辦機關的綜合管理、後勤管理、綜合業務和協調工作；管理政務大廳。
(2)人事部門。
承辦機關、直屬單位、派出機構的人事、勞動、機構編制管理等事項；承擔設區的市國土資源局領導班子和處級幹部的人事管理工作；編制全省國土資源系統教育發展規劃；組織實施教育培訓。
(3)政策法規處(省人民政府征地補償安置爭議協調裁決辦公室)。
組織起草國土資源地方性法規草案，承擔機關相關規範性文件的合法性審核，推進全省國土資源系統依法行政；組織宣傳國土資源法律、法規和政策；承擔行政復議、行政訴訟、行政補償、征地補償安置爭議裁決等法律事務。
(4)監管及監察部。
開展全省國土資源經濟形勢分析，研究提出國土資源供需總量平衡的政策建議；參與研究全省經濟運行、區域協調、城鄉規劃及相關改革；組織國土資源重大問題的研究；承擔辦公室綜合統計和專業統計的歸口管理工作；協調組織辦公室相關綜合調研工作；承擔相關重要文稿的起草工作。
(5)督察。
負責督促督查室有關部門(單位)對上級作出的重大決策和工作部署的落實；負責上級領導和有關部門重要文件審批和督辦工作；負責監督全省重點項目、重點工程土地和礦產資源配置的辦理和實施；承擔國土資源執法監察職責；組織辦理省人大代表建議和CPPCC委員提案的答復；承辦辦公會議議定的重大事項的督辦。
(6)策劃辦公室。
編制和實施省級土地、土地利用和礦產資源綜合規劃，參與編制地質環境綜合規劃，審核全省資源調查評價、勘查、開發、整理、復墾等專項規劃；參與審核上報國務院和省人民政府審批的涉及土地、礦產的相關規劃；指導和審查省級以下各級土地、土地利用和礦產資源綜合專項規劃；編制和發布土地利用年度計劃；承擔基本建設和重大專項投資管理及建設項目用地預審；負責國土資源規劃實施的監督檢查；參與非農建設項目的可行性論證。
(7)財務部。
承擔國土資源有償使用的財務管理；參與國家和省出資的土地、礦產等資源資產和礦業權權益的管理；依法承擔國土資源專項收入管理的相關工作；承擔相關專項資金和基金管理、部門預決算、政府采購、國庫集中支付和內部審計等工作；承擔機關財務管理和資產管理以及下屬單位財務和國有資產監管工作。
(8)耕地保護辦公室。
承擔基本農田保護和土地整理、復墾開發工作，制定相關政策和具體措施；組織劃定基本農田保護區；承擔耕地保護責任目標考核相關工作，監督檢查基本農田保護實施情況；編制並組織實施土地整理復墾專項規劃，指導全省未利用土地的開發、整理和復墾；配合有關部門對全省土地整理復墾開發資金的籌集和使用進行指導和監督。
(九)建設用地審批管理辦公室。
承擔農用地轉用、土地征收和耕地占補平衡工作，制定相關政策和管理辦法；制定征地補償標準，指導征地補償安置工作，監督檢查耕地占用補償制度的實施；負責各類非農建設補充耕地的監督、檢查和驗收；承辦省人民政府審批和省人民政府報國務院審批的農用地轉用、土地征收征用等土地使用事項；負責國家和省重點建設項目征地的組織協調工作。
(十)地籍管理處(省人民政府土地登記處)。
制定全省地籍管理實施辦法；制定土地權屬確認、登記和爭議調解的實施辦法，監督指導工作，調解重大土地權屬爭議；承擔各類土地登記資料的整理、共享和交換管理工作；制定土地調查、監測、統計的規則、規範、標準和土地調查、監測總體規劃，並組織實施；指導省級以下政府的地籍工作；承辦省直機關和事業單位國有土地使用登記發證工作。
(十壹)土地利用管理處。
承擔全省城鄉建設用地和土地市場的監督管理；規範土地使用權的出讓、租賃、定價和轉讓；負責實施土地供應、土地價格、土地資產和土地儲備管理政策；負責土地開發利用標準的實施；承擔節約集約用地評價和農用地分等工作；組織實施基準地價、標定地價等地價體系，實施土地市場和地價動態監測。
(12)地質勘探部門。
組織全省礦產資源調查評價；編制全省地質礦產勘查計劃並監督檢查執行情況；管理政府投資的公益性和基礎性地質勘查項目，組織實施重大地質勘查項目；承擔已設立探礦權的轉讓、延續、保留、變更和註銷的管理工作；協助國家發證機關管理我國天然氣、煤層氣和放射性礦產資源的探礦權；管理全省探礦權市場；管理全省地質勘查行業，管理地質勘查資質；負責征收探礦權價款和轉讓探礦權應繳納的探礦權使用費；參與調解重大探礦權糾紛。
(十三)礦產開發管理辦公室。
參與起草與礦產資源開發管理相關的地方性法規，制定相關政策措施；承擔礦產資源保護和特定礦種保護性開采的管理工作，下達開采總量控制指標；承擔采礦權延期、變更(包括調整原礦區範圍、采礦品種、采礦方法、礦山企業名稱和采礦者)、轉讓和抵押的管理工作；負責征收資源整合和礦業權出讓中應繳納的礦業權價款，依法征收礦產資源補償費和礦業權使用費；負責全省礦產資源開發利用統計年報；管理全省礦業權市場；監督礦產資源勘查開采，組織礦山企業資源開發利用年度檢查；參與調解重大礦業權糾紛。
(十四)礦產資源審批部門。
組織制定和實施全省礦業權設置規劃；依法受理探礦權、采礦權申請；承擔新設立探礦權、采礦權、礦山企業新增後備資源和探礦權轉采礦權的審批、劃定礦區範圍、登記發證、價款收繳工作；負責審批礦泉水和地熱資源勘查許可證和采礦許可證；負責礦業權評估的監督管理和礦業權評估結果的備案管理；參與審批中外合資、合作和外資在我省進行的礦產資源勘查開發項目；組織調解重大礦業權爭議。
(十五)礦產資源儲量。
對全省礦產資源儲量進行綜合管理，並制定相關政策和具體規定；負責礦產資源儲量的備案、登記和統計；對礦山儲量實施動態監督管理；承辦礦產地儲備和礦產資源管理事宜；承擔地質資料匯交管理工作；負責審批礦井閉坑地質報告；組織礦產資源形勢分析和戰略研究。
(16)地質環境部。
編制和實施省級地質環境綜合規劃，組織全省地質環境調查；組織、協調和監督地質災害防治工作，擬定省級突發地質災害應急預案和年度地質災害防治計劃；承擔古生物化石、地質遺跡、采礦遺跡等重要保護區和保護地的監督管理工作；指導地質公園的保護和建設；負責地質環境監測網站的統壹管理；依法管理水文地質、工程地質和環境地質勘查評價工作；負責地下水勘查的監督和礦泉水、地熱資源勘查開發的監督管理；組織監測和監督，防止地下水超采引起的地面沈降和地下水汙染引起的地質環境破壞。
(十七)科技與對外合作司。
組織制定和實施全省國土資源科技發展戰略和規劃；組織國土資源科學研究，推廣科技成果；組織實施國土資源技術標準、法規和規範；承擔國土資源科技成果及相關軟科學項目的立項和管理；擬定全省國土資源對外合作的戰略、規劃、計劃和政策；承擔省內外礦產資源的勘查和參與開發；承辦全省國土資源對外合作與交流；組織重大法制宣傳活動。
(十八)開發區土地分局管理處。
指導和檢查省國土資源廳派出的開發區土地分局的工作；調查研究開發區的土地需求；承辦各土地分局上報的土地審批等事項；監督地方分支機構完成辦公室交辦的任務；組織土地分局之間的信息和工作交流。
(十九)應急支援辦公室。
負責制定國土資源信訪和應急工作的制度和措施；負責接待群眾來訪、來信、來電及辦公室領導來信來訪接待日的協調和落實；負責信訪事項的轉辦和督辦；負責信訪信息的統計和匯總，分析信訪信息；指導下級國土資源管理部門的信訪工作；承擔省廳應急(政務)值班工作；組織處理本系統範圍內的突發公共事件；制定應對突發公共事件的應急預案；指導本系統應急體系和機制的建設；協調和指導本系統突發公共事件預測預警、培訓演練、應急響應、調查評估、信息發布、應急保障等工作。
機關黨委負責本部門、機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員辦公室負責機關部門離退休人員的管理和服務工作，指導直屬單位離退休人員的管理和服務工作。
紀檢監察機構按金辦發〔2005〕17號文件執行(4名行政人員已移交省紀委統壹管理)。