工作機構？秘書處:綜合協調處理協會日常事務，負責協會人事、財務，負責與各辦公室、分會(代表)及會員單位的聯絡，承辦領導交辦的各項事務。？
培訓部:
全面管理和協調協會的培訓工作，開展業務咨詢和展覽服務，編輯培訓計劃、教材和參考資料。
學術部:開展醫學學術交流、調查和科學研究，編輯圖書、期刊和教材。承擔協會專家委員會的日常工作。
國際合作部:綜合管理協調協會國際交流合作項目。開展國際交流與合作，采取“走出去、引進來”的方式，促進國際同行的學習與交流。
樹枝。
高等藥學院校(系)委員會參與我國高等藥學教育有關方針政策的規劃、計劃、研究和討論，為有關部門決策提供參考和建設性意見。承擔上級主管部門委托的醫藥事業科研項目或其他任務。定期舉辦各種研討會，促進國際和校際合作與交流。舉辦各種高級班、學術報告會，組織業務培訓，編寫相關教材，提供咨詢服務。？
成人教育委員會:
開展成人教育理論研究，編輯發行相關出版物、資料、教材、書籍等。為全國醫藥企事業單位提供培訓和咨詢服務；舉辦研討會，開展學術交流與合作。
技術教育委員會
開展職業教育理論研究，定期舉辦各類研討會；編寫和創新理論課程教材和實踐課程教材；參與醫藥行業特殊工種職業資格標準的制定、職業培訓和資格鑒定；開展國內外學術交流與合作。