生態發酵床養豬的核心技術表現在細菌的作用上。豬排出的糞便在發酵床中被EM有效微生物分解，EM菌的質量直接影響豬糞和尿液的降解效率。
EM菌株的培養:
材料配比:EM菌株1瓶(10g):紅糖(黃糖或白糖)1 kg:水(井水或放置24小時以上的自來水)10 kg。
培養方法:先將紅糖加適量水融化，然後倒入壹定比例的水，水溫30-40度時加入EM菌種，蓋好容器密封，控溫30-35度發酵5-7天，聞酸味(PH值3-4)。
菌種用量:壹般微生物發酵菌種用量為每立方米2-3公斤；EM菌株由於有效活菌含量高，壹瓶可培養10公斤發酵液，每瓶可制作5-8個方形發酵床。
菌種保存:保存在室內陰涼幹燥處或2-8度冰箱保鮮室。
2.發酵床墊材料的制造
(1)墊層。豬舍的發酵床以有機墊料為主，主要由鋸末、稻糠或切碎的稭稈、谷殼、土壤和少量原鹽組成。木屑和稻糠占墊料總重量的90%左右，質地柔軟，能吸收大量水分。要求土壤新鮮幹凈無雜菌，未施過化肥農藥。
(2)墊層厚度。壹般情況下，豬舍墊料總厚度約為50-90 cm，每平方米墊料重量約為150 kg。如有可能，可先鋪厚度為30-40 cm的木段作為松散通風底層，再鋪木屑、米糠等有機填料。如果木屑來源不足，也可以用樹枝或稭稈折斷。土壤量約占墊料總重量的5-10%，要求土壤幹凈，不使用化肥和農藥。墊料中加入適量的鹽有利於鋸末的分解，用量約為墊料總重量的0.1-0.3%。
(3)混合。將EM菌株發酵原液、鋸末、米糠、土壤、鹽按壹定比例混合均勻，有條件的話加入少量米糠、酒糟等。要使含水量達到40-60%(以緊抓壹把料為宜，這樣才能保證功能微生物菌大量繁殖，發酵壹周左右就可以用在豬身上了。填充物壹年四季都不能換。餵養幾天後，由於微生物細菌的發酵，豬圈裏的臭味消失了，蛆蟲也停止了繁殖。20天後到1月，豬圈床底也進入自然繁殖狀態，中間形成白色菌絲，溫度可達50 ~ 60度左右。(表面溫度壹般在20度左右)，豬糞發酵後成為飼料或肥料。
(4)活性劑的使用。活性劑的合理使用可以使發酵床的利用形成良性循環。但是用不用要看不同的發酵菌株，比如EM菌。由於其活性強，壹般不需要使用活性劑。發酵床使用壹段時間後，當微生物活性下降時，可以將EM菌的發酵原液稀釋到合適的比例，噴灑在發酵床的床面上，以提高微生物菌的降解消化速度。如果發現有豬糞堆積，可以將堆積的糞便深埋在發酵床中，噴灑EM菌發酵原液稀釋液。
3.豬圈的建造
建造帶發酵床的豬圈也很重要，可以在原有豬圈的基礎上稍加改造。壹般來說，豬圈要求東西朝南，采光充足，通風良好，南北可開。通常每個豬圈的凈面積在25 m2左右，可以養15-20頭豬。豬圈墻高3米，屋頂高4.5米，朝南的屋頂中部有可自由開閉的窗戶。陽光可以照亮整個豬圈面積的1/3，從日出到日落可以照亮整個豬圈的每壹個角落，使豬圈內的微生物更適宜生長繁殖，有利於發酵。北側建有自動投餵槽，南側建有自動擋水板，以滿足無臭無蠅豬舍的要求。如果用大棚養，省事又省錢，因為大棚成本低，小氣候更容易調節。冬季采光保溫好，豬能安全越冬；夏天放下遮陽膜，抖起周圍的裙邊膜，可以通風降溫。
4.發酵床的準備
發酵床有地下發酵床和地上發酵床兩種。南方地下水位比較高，壹般采用地上式。如果北方地下水位比較低，壹般采用地下式。地下發酵床需要挖到地面以下90-100cm，用有機填料填充，然後把小豬放進去，讓豬自由生長。地下水位低的地方，可以使用地上發酵床。地上發酵床建在地面上，要求有壹定的深度，然後填充有機填料。在發酵床中飼養的豬已經回到了“原生”環境。豬可以自由發揮，恢復本性，心情好，吃的自然多，長的好，而且都皮毛光亮，長的好。
5.發酵床的管理
總的來說和養豬的常規管理差不多，但是發酵床有自己的獨到之處，所以平時的管理也有所不同:
①豬的飼養密度:單位面積豬的數量過多，會降低床的發酵狀態，豬糞不能很快降解消化。壹般以每頭豬占地1.2-1.5m 2為宜，飼養仔豬時可適當增加飼養密度；
②發酵床的床面不能太幹燥，壹定的濕度有利於微生物的繁殖。如果太幹燥，還可能導致豬的呼吸道疾病，所以可以定期在床面噴灑EM菌株發酵原液；
(3)入圈豬要提前徹底清除寄生蟲，防止寄生蟲帶入發酵床，防止豬吃了菌絲體再次把蟲卵帶入體內而生病；
④密切關註土壤微生物菌的活性，必要時加入EM菌株發酵原液，調節土壤微生物菌的活性，保證發酵正常進行；
⑤豬舍內木屑減少時，應適當補充原有的微生物種類和營養液；
⑥為了方便豬翻地，豬的飼料量應控制在正常量的80%。豬壹般都是在固定的地方排泄糞便和撒尿，當糞便和尿液堆積起來的時候，就可以挖坑掩埋。
⑦地面濕度必須控制在40-60%，並經常檢查。如果水太多，打開通風口，用空氣調節濕度。
⑧豬舍內禁止使用化學藥品和抗生素，防止其殺死土壤微生物，降低微生物的活性。