員工出差後申請報銷的流程如下:
1.出差回公司後填寫費用報銷單，註明出差時間、出差費用等。
2.提交發票；
3.經部門經理、財務部、總經理審核後可以報銷。
法律客觀性:
《發票管理辦法》第二十條
壹切從事生產經營活動的單位和個人，在購買商品、接受服務和支付其他經營活動費用時，應當向收款人索取發票。取得發票時，不允許更改名稱和金額。
第二十壹條
不符合規定的發票不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。