承擔文電、會議、機要、檔案、信息、保密、信訪、督查、績效考評、接待、政務公開、提案辦理和重要文稿起草等工作；制定本機關的工作制度並監督實施；負責編纂有關年鑒、歷史記錄和簡報；協調各直屬單位的綜合目標管理考核；負責委員會的電子政務工作；協調與市藥品監督管理局的對口聯系；協調與港澳臺地區及其他國家(地區)衛生計生領域的交流合作和對外援助工作。
承辦黨務、工青婦、統戰、僑務、紀檢監察、行風建設等工作；負責兩個代表、壹個委員的相關工作；協調整個系統的精神文明和文化建設；承擔委黨委的日常工作。
人事司(科技教育司)
擬訂衛生計生人才發展政策並指導實施；組織和指導衛生計生管理幹部的崗位培訓；承辦機構設置、調配、工資福利、幹部任免、考核、社會保險、住房公積金、出國政審、離退休人員服務等工作。
擬訂衛生和計劃生育科技發展規劃及相關政策，統籌相關科研項目、新技術評價管理、適宜技術推廣和科研基地建設；負責實驗室生物安全的監管；組織和指導重點學科和重點實驗室的建設；制定衛生和計劃生育科技人員培訓計劃並組織實施；指導開展畢業後醫學教育和繼續醫學教育，建立和推廣住院醫師、專科醫師和全科醫師規範化培訓制度。
政策法規處(掛市醫藥衛生事業改革發展領導小組辦公室牌子)
組織起草相關地方性法規、規章和政策；承擔相關規範性文件的合法性審核；承辦相關的行政復議和行政訴訟；指導衛生計生法制宣傳教育，組織實施普法；指導衛生計生系統落實執法責任制；組織協調本部門的執法責任制；組織推進本部門行政審批制度改革和職能轉變的相關工作。
承擔市醫藥衛生事業改革發展領導小組及其辦公室的具體工作，研究提出深化醫藥衛生事業改革發展的重大方針政策和措施建議，督促落實領導小組會議議定事項。組織推進公立醫院改革。
規劃及財務處(資訊及統計處)
擬訂衛生和計劃生育發展規劃並監督實施；統籌規劃、協調和優化全市衛生和計劃生育服務資源配置，指導公共衛生和計劃生育服務體系建設；管理大型醫療設備的配置；管理市級衛生和計劃生育經費；推動完善衛生計生經費保障機制；管理機關和預算管理單位的預決算、財務、國有資產管理和內部審計；管理直屬單位固定資產投資項目和基本建設；協助管理政府采購和價格管理工作；承擔機關和協調全系統對口支援、環境績效評估和節能降耗。統籌衛生計生信息化建設、衛生統計和信息共享，統籌全國計劃生育財政統計和家庭獎勵扶助統計。
宣傳教育司
擬定衛生與計劃生育宣傳、公共健康教育和健康促進的目標、規劃、政策和規範並組織實施；協調全系統新聞宣傳工作，承擔衛生計生科普、新聞信息發布工作；負責微博中的輿情監測和政務；負責宣傳資料的管理及文字、圖片、視頻資料的收集、整理和歸檔；負責全市黨政幹部的衛生和計劃生育理論教育。
婦幼保健和社區保健處
擬定婦幼衛生、社區衛生、生殖健康和計劃生育技術服務的政策、規劃、規範和標準並組織實施。建立和完善婦幼保健、社區衛生和計劃生育技術服務網絡，推進家庭醫生責任制的實施；承擔和指導婦幼保健、出生缺陷預防、人類輔助生殖技術管理、人類精子庫管理和計劃生育技術服務；依法規範計劃生育藥具管理；做好優生優育；指導、檢查和監督節育手術並發癥的預防、鑒定和處理；組織實施病殘兒醫學鑒定和出生缺陷幹預項目；開展社區衛生和計劃生育技術服務績效評估；指導和推動社區衛生服務機構的標準化和規範化建設，監督和指導基層衛生政策的落實。
公共衛生監督管理辦公室(綜合監督辦公室)
指導、監督和規範公共衛生行政執法工作，督辦重大公共衛生違法案件；按照職責分工承擔職業衛生、環境衛生、放射衛生、學校衛生、消毒產品以及與飲用水衛生安全相關產品的監督管理；組織食品安全風險監測、評估和溝通，組織實施食品安全標準的宣傳和實施；組織食品安全事故的流行病學調查；組織開展公共場所、飲用水衛生、環境對健康的影響、傳染病防治的動態監測、風險評估和預警。
疾病預防和控制司
針對嚴重危害人民健康的公共衛生問題，制定重大疾病預防控制規劃、免疫規劃和幹預措施並組織實施；完善疾病預防控制體系，統籌建設包括疾病控制、慢性病防治和精神衛生在內的公共衛生體系，建立公共衛生機構之間、公共衛生機構與醫療機構之間的分工協作機制，預防和控制疾病的發生和傳播；承擔法定傳染病疫情信息報告和發布管理工作；組織專業公共衛生機構和公共衛生服務項目的績效考核。負責艾薇協會的對口協調。
計劃生育監督管理辦公室(計劃生育基層指導辦公室)
組織實施計劃生育目標管理責任制考核、定期檢查和年終考核；研究完善計劃生育目標管理責任制的考核；監督和指導計劃生育政策法規的實施，負責計劃生育執法，查處計劃生育行政違法的重大案件；指導推行計劃生育壹票否決制；指導計劃生育業務統計、數據分析和信息共享，參與人口變動抽樣調查和人口基礎信息庫建設；組織實施計劃生育抽樣調查和專項調查；指導和督促基層加強計劃生育基礎管理和服務，推進基層計劃生育工作網絡建設；負責直屬單位的計劃生育管理。
流動人口計劃生育服務管理處(計劃生育家庭發展處)
制定計劃，規範和組織實施流動人口計劃生育服務管理工作；推進流動人口計劃生育服務均等化；加強對流動人口的動態監控；指導建立流動人口計劃生育信息；研究提出促進計劃生育事業發展的政策建議，建立健全計劃生育利益導向機制和特殊困難家庭救助制度，制定計劃生育獎勵扶助政策；監督檢查生育指標審批情況；承擔出生人口性別比綜合治理工作。
醫務管理部門
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量、醫療服務、醫療安全、采供血機構管理等方面的相關政策、規範和標準並指導實施，承擔建立醫療機構醫療服務、醫療質量評價和監管體系的相關工作，統籌系統質量強市工作；制定醫務人員的職業標準和服務規範；組織實施臨床路徑和優質護理服務；指導醫療機構的感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；負責監管醫療機構的藥學服務，並組織實施基本藥物制度；承擔醫療救援的指揮調度；監督醫療服務廣告和義診備案的管理；承擔醫療技術風險防範，指導醫療事故糾紛處理；監督和指導全市醫療機構評估工作；做好殯葬管理工作；統籌各級各類醫療機構和臨床重點專科建設。
中醫系
擬訂中醫藥、中西醫結合和民族醫藥發展規劃並組織實施；制定並組織實施中醫醫療、保健、預防、康復、護理和臨床用藥的相關管理規定和技術標準；研究建立中藥飲片質量標準體系；指導非中醫醫療機構的中醫藥業務；指導、協調和組織中醫藥學術交流和技術合作。
市突發公共衛生事件應急管理辦公室
制定衛生應急和緊急醫療救援的計劃、制度、方案和措施；組織、協調和指導各地突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施預防和控制突發急性傳染病的應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處理信息；負責協調重大活動的幹部保健和醫療保障；負責醫療資源的跨區域應急調配和協調；協調全市衛生計生系統的職責管理；協調衛生計生系統的社會穩定、安全生產和綜合治理工作。