獸醫學院創建於1952，是內蒙古農業大學最早成立的學院之壹。其前身是內蒙古畜牧獸醫學院畜牧獸醫系。高校辦學歷史悠久，獸醫專業是內蒙古自治區最早的兩個本科專業之壹。
1999年4月，原內蒙古農牧學院、內蒙古林學院合並為內蒙古農業大學，內蒙古農業大學動物科學與醫學學院成立。2009年2月，正式更名為獸醫學院。
現開設動物醫學(生產動物五年制)、動物醫學(馬獸醫五年制)、動物醫學(寵物醫學五年制)、動植物檢疫(四年制)、動物藥學(四年制)本科專業。
動物醫學(五年制)采用蒙漢雙語教學，其中蒙古族學生約占全院學生總數的20%，動物檢疫(四年制)采用中英文雙語教學。教學領域不僅涵蓋常規動物疾病的診斷與治療、人與動物疾病的防治、動物制藥與生物制品，還包括反芻動物疾病的防治、馬獸醫等特殊學科。