東南大學附屬中大型醫院的機構設置

醫院設有32個臨床科室和20個醫技科室。擁有部級心血管疾病防治技術中心、中華醫學會實用介入技術推廣培訓中心和現代化臨床實驗中心。東南大學介入放射學研究所、急危重癥醫學研究所、心血管疾病研究所、創傷外科研究所、功能神經外科研究所、假體重建外科研究所、腎病研究所、耳聾康復研究所、骨髓增生異常綜合征研究所等均設在院內。醫學影像與介入放射科、整形外科為江蘇省“135”工程重點醫學學科，急診醫學科為省級重點學科建設單位。醫院還擁有17省部級臨床重點專科。

與醫院壹體化運作的臨床醫學院是東南大學最大的院系，培養各類臨床醫學專業人才。1978開始招收第壹批研究生。目前有4個壹級碩士學位授予點，2個壹級博士學位授予點，18個二級博士學位授予點，100多名碩士研究生導師，覆蓋大部分臨床醫學專業，每年招收100多名碩士研究生。2001年招收醫學碩士專業學位(技能)研究生，2002年招收七年制研究生。20012入選教育部優秀博士培養計劃——拔尖創新人才培養計劃，開始試點八年制醫學教育。目標是培養傑出的臨床醫生和醫學科學家，辦學理念和人才培養獨具特色。