該中心主要開展:疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處理、環境與職業衛生、營養衛生、老齡衛生、婦幼衛生、放射衛生、學校衛生；組織制定國家公共衛生技術方案和指南，承擔公共衛生相關衛生標準的綜合管理；開展傳染病、慢性病、職業病、地方病、突發公共衛生事件和疑似預防接種異常反應的監測和評估；參與國家公共衛生應急準備和響應，組織制定食品安全事故流行病學調查和衛生處理的相關技術規範；開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處置、公共衛生重點科學研究和技術開發；開展公共衛生領域的研究生教育、繼續教育和相關專業技術培訓。
人員配備定額
2020年7月官網顯示，中國疾病預防控制中心共有5名院士，其中中國科學院院士2名，中國工程院院士3名。此外，還有多位專家獲得國家傑出青年基金、國家973項目首席科學家、中科院“百人計劃”獲得者。
中國科學院院士(2名全職):曾毅、高福。
中國工程院院士(3名全職):侯雲德、洪濤、徐建國。
國家傑出青年自然科學基金獲得者(名單不完全):徐建國、高福。
享受國務院政府特殊津貼專家(名單不完全):洪濤、王大巖、王華慶、張永珍、周麥庚、趙文華。
為國家做出突出貢獻的中青年科學家(名單不全):曾毅、侯雲德、洪濤。
中國科學院“百人計劃”獲得者(名單不完全):高福。
科研部門
2020年7月官網顯示，中國疾病預防控制中心有11個下屬科研科室，1個國家重點實驗室，3個國家衛生計生委重點實驗室，3個中央重點實驗室。
世衛組織參考實驗室(5個):世衛組織流感參考和研究合作中心、世衛組織西太平洋麻疹和風疹參考實驗室、世衛組織西太平洋脊髓灰質炎參考實驗室、世衛組織西太平洋日本腦炎參考實驗室和世衛組織西太平洋輪狀病毒參考實驗室。
國家研究中心(2個):國家朊病毒檢測中心和中國微生物病毒/醫學病毒保藏管理中心。
國家重點實驗室(1):傳染病防治國家重點實驗室。
省部級工程研究中心(1):衛生部微生物基因組研究中心。
省部級重點實驗室(3個):衛生部微量元素與營養重點實驗室、衛生部寄生蟲病原與媒介生物學重點實驗室、衛生部醫學病毒與病毒性疾病重點實驗室。
中央重點實驗室(3個):中國疾病預防控制中心化學汙染物與衛生安全重點實驗室、中國疾病預防控制中心輻射防護與核應急重點實驗室、中國疾病預防控制中心傳染病監測預警重點實驗室。
下屬科研部門(11):傳染病防治所、病毒性疾病防治所、寄生蟲病防治所、性病艾滋病防治中心、慢性非傳染性疾病防治中心、營養與健康所、環境與健康相關產品安全所、職業衛生與中毒控制所、輻射防護與核安全醫學所、農村改水技術指導中心、婦幼保健所。
科研成果
2020年7月官網顯示，中國疾病預防控制中心共發表論文14892篇，其中中文11502篇，英文3390篇，年增長25倍以上。中心獲得省部級以上科技獎勵176項，其中國家科技進步特等獎1項，壹等獎1項，二等獎2項。省部級壹等獎15。承擔了多項科技部科研項目(“973”項目、“863”計劃、科學研究、科技支撐、重大項目等。)、國家自然科學基金、國家衛生健康委員會、教育部等相關部委和地方科委，每年實施國際合作項目超過100項。
法律依據:《中華人民共和國傳染病防治法》第三十條:“疾病預防控制機構、醫療機構、采供血機構及其履行職責的人員發現本法規定的傳染病疫情或者其他突發、流行、原因不明的傳染病疫情時，應當遵循疫情報告屬地管理原則，按照國務院或者國務院衛生行政部門規定的內容、程序、方法和時限報告。軍隊醫療機構為公眾提供醫療服務時，發現前款規定的傳染病疫情，應當按照國務院衛生行政部門的規定報告。