上海市慈善基金會現任理事長為陳鐵娣女士，理事、副理事長、理事共23人。理事會下設捐贈委員會、救助委員會、宣傳文化委員會、資產管理委員會四個專業委員會和愛心服務中心。這些部門分為募捐部、對外聯絡部、慈善物資管理中心、醫務部、慈善教育培訓中心、宣傳文化部、至愛雜誌社、慈善發展研究中心、資產管理部、任重花園、任重樂園、金山任重養老院、任重兒童康復中心。基金會在全市19個區縣設立了分支機構。2004年底，上海慈善基金會成立了慈善誌願者總隊。
基金會還設有審計局、監事會、法律顧問組、會計顧問組等機構，對業務和財務工作進行監督檢查。每年都會有獨立的審計機構對基金會的財務進行審計和檢查，審計結果會通過《解放日報》向社會公布。
捐贈人可以通過上述渠道查詢捐贈資金的使用情況，也可以通過通訊方式獲取受贈人名單並直接聯系。