負責黨務、政務工作；負責文電、會議、機要、機要、檔案、記錄等機關的日常運行，以及政務公開工作；負責重大決議的監督和督辦；對教育系統和辦公室進行全面評估；負責機關信息化建設，指導教育系統電子政務工作；牽頭管理網上輿情信息；管理教育系統的社區工作。
政策法規司
負責統籌教育決策研究，牽頭起草教育方面的地方性法規，研究本市教育改革和發展的重大問題；組織和協調教育研究工作；擬定教育政策研究項目計劃並組織實施；承擔機關規範性文件的合法性審查；承辦與教育行政復議和行政訴訟有關的法律事務；辦理教育行政許可；指導教育系統的法制教育；參與教育執法的監督檢查；統籌“五個校區”建設。
發展規劃辦公室
擬訂全市教育發展的長遠和年度規劃，市屬大學、高中招生計劃並監督實施；協調高、中等公辦學校的管理體制改革和布局、結構調整；負責全市基礎教育信息統計工作；會同有關部門審批高等、中等學校公辦學校設置的調整；負責對區縣(自治縣)政府教育工作的考核。
組織幹部部
指導全市教育系統黨的工作；負責市屬高校和直屬單位黨建和黨務工作；參與市屬高校及其下屬重慶高校領導班子建設的具體管理；負責高職院校副職及相應職級幹部的管理；負責管理領導班子、直屬單位領導幹部和副廳級以上領導幹部；牽頭協調教育系統幹部教育培訓工作；辦理高校、直屬單位和機關領導幹部及黨員出國政審；指導高校和直屬單位統戰工作。
紀檢監察室
監督檢查市委教委、市教委及所屬系統貫徹執行黨的路線、方針、政策和決議的情況，以及遵守國家法律法規和執行市委、市政府決議、決定、命令的情況。監督檢查市教委、市教委領導班子及其成員維護黨的政治紀律、落實黨風廉政建設責任制、廉潔勤政的情況；協助市教委、市教委領導組織協調市教委、市教委及所屬系統的黨風廉政建設和反腐敗工作。按照有關規定，查辦市教委、市教委及所屬系統黨員幹部違反黨紀政紀的案件和其他重要案件。受理對市教育委員會、市教育委員會及其直屬單位黨組織、黨員和行政監察對象的舉報和投訴，受理對市教育委員會及其直屬單位、黨員和行政監察對象在職權範圍內不服處分的投訴。承辦市紀委、市監察局交辦的其他工作。
人事處
負責教育系統的人事和人才工作；負責市屬高校、直屬單位和機關的組織、人事和社會保障工作；規劃和指導中小學、中等職業學校校長隊伍建設和高校教師隊伍建設；負責組織實施教師資格制度；負責教育系統的人員調配、職務評聘、考核晉級、表彰獎勵和有關專家的推薦；負責中小學特級教師和市級以上優秀教師的評選；承擔機關調研員及其以下非領導職務和壹般行政職務幹部的相關管理工作。
財務處
負責管理和指導教育系統的財務和審計工作；負責教育經費的管理；負責市屬高校、直屬單位和機關的國有資產、預決算、財務管理和教育系統的內部審計；監督檢查市屬高校、直屬單位和區縣(自治縣)招生經費收支情況；會同有關部門制定相關學校收費標準；承擔義務教育經費保障機制改革；帶頭通過教育扶貧、救災、助學；指導本系統的校辦產業和勤工儉學工作。
基礎教育司
承擔全市基礎教育的管理和指導工作；制定並指導實施促進義務教育均衡發展、促進教育公平的政策；指導基礎教育改革；規劃和指導基礎教育教材建設；指導和推進九年義務教育和掃盲工作；指導學前教育、特殊教育和工讀教育；指導民族教育；指導中小學德育工作；負責普通高中招生工作和學籍管理；管理中央直屬中小學的教育教學工作；指導基礎教育各類學校及教育機構的教育教學工作。
職業教育和成人教育司
承擔中等職業教育、成人教育和社區教育的管理和指導工作；制定並組織實施相關教育教學政策；指導中等職業學校教材建設；指導職業學校學生相關教育教學改革、基礎能力、實訓基地建設和專業技能及水平評估；負責中等職業學校招生及其學籍、學歷證書管理工作；負責推進中等職業學校與行業、企業的結合；指導中等職業學校及教育機構的教育教學工作。
科學、技術和學位研究生處
承擔高等學校自然科學研究、學位和研究生教育的管理和指導工作；指導和協調教育系統的科技工作、信息化建設和版權專利工作；引導高校科技成果轉化、“產學研”結合和科技創新；擬定高等學校科技、學位和研究生教育發展規劃；負責博士、碩士學位授予單位、授權點、授權學科的相關工作；負責高校重點學科、重點實驗室和工程研究中心的建設和管理；負責研究生培養質量和學籍管理以及學位授權點的檢查評估；指導協調高校“985工程”和“211工程”建設；承擔市學位委員會的具體工作。
高等教育司
承擔重慶市高校各類高等教育和部屬高校的統籌管理、指導和協調工作；指導高等學校教育教學改革及相關教育教學工作；指導高等學校教材建設；負責本科和專科專業的管理；制定高等學校學科專業設置標準和教學指導性文件；負責教育教學基本條件的管理；負責相關教育教學質量的監測、評價和評選；負責高等職業教育和成人高等教育校外辦學的管理；負責地方學歷、大專學歷和高等教育自學考試管理工作。
招生考試管理辦公室
擬定全市高等教育招生工作的有關規定；擬訂高等教育招生法律法規並組織實施；執行國家和本市下達的招生來源計劃並負責相關管理；負責全市普通高校和成人高校的招生評卷和招生工作；負責組織重慶考生專項招生的具體工作；負責指導和檢查本地區研究生招生工作；參加普通高中和中等職業學校招生；負責全市高、中等教育招生考試的監督管理。
私立教育管理辦公室
承擔各級各類民辦教育的管理和指導工作；牽頭負責高、中等學歷民辦學校(含非學歷高等教育機構)的設立、調整、審批、管理和監督；指導區縣(自治縣)管理和監督民辦學校的辦學活動；指導和協調民辦教育相關的法人登記和中介服務。
師範教育系
承擔幼兒園、中小學、中等職業學校中等師範教育、教師培訓和繼續教育的管理指導；制定並指導實施中小學和中等職業學校教師隊伍建設的長遠規劃；指導幼兒園、中小學和中等職業學校教師隊伍建設和師德師風建設；帶頭教學；指導教育學院、中等師範學校和師範學院的布局調整、改革、管理、教育教學工作；管理中小學教師培訓證書的發放。
監督辦公室
負責教育督導；負責督促區縣(自治縣)政府和市政府有關部門履行教育職責；組織對全市中等及中等以下教育和掃除青壯年文盲工作的督導、評估、檢查和驗收；發布《重慶市教育督導報告》；組織全市基礎教育發展水平和質量監測。
宣傳思想政治教育司
指導教育系統的宣傳工作；承擔高校宣傳工作和校園文化建設的管理和指導；負責大學生和教師的思想政治工作；規劃和指導高校思想政治宣傳和德育隊伍建設；指導高等學校師德師風建設；規劃和指導高校社會科學研究和思想政治理論課建設；指導和協調人文社會科學重點研究基地建設；管理教育系統的報刊出版工作。
學生事務處
負責普通高等教育、專科和成人高等教育學歷教育、學籍管理和學歷證書審核；參加高等教育招生；負責高校畢業生和研究生的就業管理和就業指導服務；帶頭處理學生投訴；協助和配合有關部門開展大學生勤工儉學和社會實踐活動；參與管理高校助學金、獎學金、學生獎懲，參與管理高校貸款。
安全和穩定辦公室
統籌管理和指導教育系統的安全穩定工作，負責市屬高校和直屬單位的安全穩定工作；指導和協調有關部門應對教育系統突發事件；指導教育系統建立健全學生意外傷害保護機制和學校安全防範體系；負責學校安全穩定的宣傳教育；帶頭進行校園及其周邊的綜合整治；負責教育系統安全穩定的監督和評估；負責教育系統的信訪工作；負責防範和處理邪教工作。
基礎設施後勤辦公室
編制市屬高校及直屬單位基建投資計劃，負責市屬高校及直屬單位基建相關工作；參與國家和市政府下達的基建項目的安排和管理；指導教育系統中學校基礎設施和住房制度的改革；指導和協調高校社會化改革、後勤保障和後勤產業發展；指導市屬重點中學和其他高中學校的後勤改革；負責教育系統節能減排工作。
體育健康藝術教育部
承擔學校體育、健康、藝術教育的管理和指導工作；指導學校健康教育、衛生保健和防疫工作；組織學生體質健康監測；指導學校藝術教育和課外文娛藝術活動；組織管理市級學生體育競賽和藝術比賽；負責組隊參加市級以上各類體育比賽和藝術活動；指導學校體育衛生藝術設施建設和器材配置；協助有關部門做好學校國防教育和軍事訓練工作。
市語言文字工作委員會辦公室
負責全市語言文字工作；組織實施國家語言文字工作的法律法規；制定有關語言文字工作的規範性文件；監督檢查語言文字的使用情況；推進語言文字改革、語言文字規範化和語言文字信息處理；組織實施漢語拼音方案，推廣普通話，負責普通話的培訓、測試和認證工作；負責漢字應用水平的測試；協助漢語的國際推廣。
國際合作與交流辦公室
承辦教育系統及有關部門和學校的國際教育交流與合作；負責管理留學人員、教育系統因公出國留學人員、來華留學人員、外國文教專家和在渝教師；負責中外合作辦學的管理；會同有關部門，對聘請外教學校和自費留學中介機構進行資質審查；開展漢語國際推廣；承擔海外人才工作，引進人才；開展與港澳臺的教育交流；負責舉辦國際教育展的審批；負責僑務工作。
退休人員辦公室
負責委員會退休人員的管理，指導直屬單位退休人員的工作。執行退休政策和法規；組織離退休人員的集體活動；了解和反映離休幹部的情況；負責離退休人員的思想政治工作，維護老年人的合法權益；協調老年協會和機構，做好離退休工作，配合工委工作。
政府機關黨群辦公室
負責機關黨群工作，指導直屬單位群團工作。負責黨的思想建設、組織建設和黨風廉政建設；制定黨委和黨支部的學習計劃和學習制度；帶頭在黨員中開展教育活動；負責機關精神文明建設；負責機關的紀律檢查工作；領導機關作風建設工作；配合組織、人事部門對機關相關行政領導幹部進行考核和民主評議；負責工會、婦聯和共青團工作。
新聞中心
制定對外新聞宣傳的總體規劃和計劃；負責全市教育新聞發布工作；負責教育電視臺重慶站的工作；負責向中國教育報重慶記者站組稿和編輯重慶教育信息，編寫輿情簡報；負責高校、區縣(自治縣)教育行政部門新聞發言人、新聞中心(新聞辦)人員的培訓工作；協調委機關各部門，指導各高校、區縣(自治縣)教育行政部門的對外新聞宣傳工作。
機關後勤服務中心
負責委員會後勤事務的保障和服務；負責購買和管理委員會的資產；負責委員會公務車輛的管理；負責委員會辦公場所的保潔和綠化以及水、電、氣、電話等公共設施的管理和維護；負責臨時工的聘用和管理；負責委員會食堂的管理；負責委內重大活動、會議、公務接待的後勤服務和保障；負責機關的安全防範工作；負責協調相關運營工作。