高成本
優質的矽藻泥需要添加分解材料，還要經過專業培訓的矽藻泥墻面藝術家施工，所以比普通乳膠漆貴。
高施工要求
為了達到完美的施工效果，矽藻泥必須由專業人員施工，這樣才能保證美觀和墻面的施工質量，不可能自己粉刷。
質量參差不齊
矽藻泥中需要添加光觸媒(納米二氧化鈦/矽藻土復合光催化材料)，才能分解吸附的有害氣體，真正保護環境。但目前矽藻泥市場魚龍混雜，並非所有品牌都有專利分解技術，所以選購時請選擇口碑好、實力強的大品牌。
不適合在衛生間和廚房刷漆。
矽藻泥有很強的吸附性，這在某種程度上是優勢，但正因為如此，在衛生間。廚房這些有水的區域不適合粉刷。
很難區分好壞
矽藻土在矽藻泥中起作用。但是矽藻土無法用肉眼識別，所以僅憑肉眼很難判斷其質量。