首先，信息孤島無處不在，數據標準缺位。多年來，電子病歷系統基本都是由醫院自主規劃建設，建設情況和水平差異很大。不同地區采用不同的電子病歷標準，導致電子病歷數據難以在全國範圍內匯總共享，數據開發利用難度很大。
第二，數據安全。電子病歷數據涉及個人隱私、醫療機構商業秘密等大量重要信息。需要界定數據使用的邊界，構建相應的數據安全體系。另外，不同地區、不同級別的醫院信息安全管理水平參差不齊，可能是個問題。
第三，資金投入。國家電子病歷系統的建立需要大量的公共資金，包括技術研發、基礎設施建設、人員培訓等方面，並且需要政府牽頭協調企業和醫療機構等利益相關方的合作，因此資金的籌集相對困難。
最後，難以彌合的利益差距。公立醫院工作人員的部分工資收入來源於醫用耗材和檢查收支結余。實行全國電子病歷數據共享後，可能會減少重復檢查和藥品的需求，醫院在這方面的收入可能會減少。
信息安全和隱私保護也面臨著重大挑戰:
由於醫療健康信息是每個人最重要的隱私之壹，具有極高的潛在商業價值，迫切需要在《個人信息保護法》、《網絡安全法》、《數據安全法》的基礎上，出臺嚴格的醫療數據分類管理制度，以及對數據使用者和方法的監管辦法和各種實施細則。
同時，要在妥善保障信息數據安全的前提下，制定數據脫敏和科學應用規範，以支撐深入醫學研究的數據使用，實現保護與創新的合理平衡。
綜上所述，雖然數據互聯是信息時代的大勢所趨，但要實現電子病歷的全國互聯共享，仍然是壹件復雜而困難的事情。克服技術規範標準化、數據互聯互通、多方利益差異協調、數據和隱私保護等關鍵挑戰，仍需要主管部門和社會各界的長期努力和艱苦奮鬥。