寧波大學航運學院的前身是1986浙江水產學院航海系船舶駕駛專業和1987浙江水產學院機械系輪機管理專業。1991，輪機管理專業從浙江水產大學機械系分離出來，並入航海系管理。1994，輪機管理專業從航海系分離出來，成立輪機工程系。1996 10，浙江水產學院寧波分院與寧波大學合並，同年12，浙江水產學院寧波分院航海系與輪機工程系合並組建寧波大學海事學院。2001年5月，原國家海洋局所屬寧波海洋學校船舶專業並入寧波大學航運學院。
學院現有教職工61人，其中教授、副教授占66%，碩士及以上學歷占90%。40%的教師持有A類航區船長、輪機長和其他高級船員適任證書。學院現有研究生和本科生741人。
學院擁有較為完備的教學和科研設施，實驗室現有固定資產18萬元，實驗室面積3295平方米。擁有大型船舶操縱模擬器、輪機模擬器、GMDSS、海洋天文館、“海洋”號散裝液體貨物模擬訓練船、船舶海水淡化實驗室、鍋爐實驗室、綜合航行駕駛臺實驗室、多功能評估實訓室、綜合物流模擬室等國內領先的實驗室30余個。
根據國際海事組織STCW78/95公約和《中華人民共和國海員教育培訓質量管理條例》，學院建立了寧波大學海員教育培訓質量體系，對整個教學過程進行管理和監督，確保學生培訓質量。依托綜合性大學外語、計算機等基礎學科優勢，學院加強基礎教育，註重學生人文素質教育和綜合素質培養；堅持知識、能力、素質協調發展，構建新型人才培養模式。學院以航海與物流管理為重點，依托並發揮綜合性大學優勢，促進學科交叉、協調發展；以教學為中心，積極開展科學研究和社會服務；為我國港航企業、物流管理等相關部門培養高素質專業人才，是我國培養航運高層次人才的重要基地之壹。