2007年，贊助商提出讓深圳隊組建深圳二隊參加香港足球聯賽，但提議被拒絕。2008年深圳隊受深圳足協委托後，贊助商仍然再次提出要打好俱樂部梯隊基礎，通過香港聯賽培養球員。終於在2008年9月，以“香雪上清飲”的名義，派遣8990歲預備隊(半年後，主力隊員大部分加入1隊備戰2009中超，南山足校9192歲隊)征戰2008-09香港足球甲級聯賽，從而創造了深圳隊成為首支同時參賽球隊的紀錄但由於俱樂部整體財力不足，球隊被迫滯留香港，無法使用深圳的訓練場地，訓練質量難以保證，比賽成績也不盡如人意。最終降級至香港乙組足球聯賽。隨著降級，二隊也在2009年夏天退出了香港聯賽。
5438年6月+2009年10月，1994年深圳隊前老將範宇紅的南山少年足球俱樂部通過提供訓練基地和球員的方式加盟深圳隊。所以南山足校9192年齡段的球員(南山區壹隊)加入深圳壹隊和預備隊，而9394年齡段的球員(南山區二隊)則接入深圳三隊。新股東成為股東後，深圳體育局承諾加大對深圳梯隊建設的投入。同時，助教謝雨欣帶領的鹽田體校少年隊也計劃作為深足梯隊加入。但是半年後範宇紅下課，謝雨欣調到廣州足協二隊後，神足和他們的關系發生了很大的變化。南山二隊9394年齡段的球員因為沒有直接和神族簽約而回到南山，然後作為範宇紅獨立山2012新組建的深圳彭鋒隊主力進入職業賽場。只有幾個鹽田體校的球員加入了神足，在9192這個年齡段沒有和南山壹爭高下。優秀球員全部被浙江綠城挖走，在9394年齡段加入其梯隊，代表浙江省獲得2013全運會亞軍。其中謝鵬飛、陳等優秀球員在2012賽季進入中超壹線隊，入選國字號。在其頂級球員成功之後，鹽田青年隊被視為深圳本土足球苗子的壹大損失。
2010，隨南山9192梯隊加盟深圳的預備隊教練張曉東自掏腰包，導致預備隊人才流失。同年，預備隊補充了少數從其他俱樂部和地方足協簽約、按照當時轉會規則不占用轉會名額的球員。
2011年，由於經濟原因和大運會給壹線隊造成的場地困難，神族徹底取消了梯隊編制，放棄了後期年齡段梯隊的組建。年齡在9192的預備隊球員，如果不被新帥特魯西埃提拔到壹線隊，將被辭退。季前備戰期間，特魯西埃誤認為上任前帶壹線隊訓練的預備隊教練張曉東是主要推薦，導致很多有真才實學甚至中超經驗的寶貴人才成為被壹線隊拋棄的遺產。壹些未能入選的球員因為轉會截止日期臨近，找不到新家，各隊基本沒有轉會名額，因此獲得了最低標準的壹年合同額外機會留在深圳，但翻身的機會很少。有些人在賽季中期自行離隊。中國足協正式啟動新的中超聯賽主客場預備聯賽。所有中超球隊的預備隊都要參加，預備隊在每輪中超結束後的第二天比賽。事實上，由替補陣容組成的“預備隊”由神足傳奇前鋒李毅領銜，他最終為更年輕的新援讓出了位置，提前退役。4月2日，天津TEDA預備隊在民源體育場2:0戰勝深圳紅鉆預備隊，這也是中國職業聯賽和深圳足球俱樂部的首個主客場預備聯賽。
2012，竭盡全力馬上沖回中超的神足，依然不顧梯隊，只從陜西全運會隊(原陜西人和梯隊，當年與陜西老鎮根組隊參加二班)簽下壹名曾在深圳留學的年輕門將，加入預備隊。
2013年，由於被迫減少投入，隨著聯賽進程逐漸錯失機會的深足開始接受委以甲a的新位置，重啟了本已不佳的青訓。先是和外省的青訓俱樂部簽了培養協議，然後從1993年到1996年開始簽外地的年輕球員並直接加到預備隊在預備隊訓練。回到健力寶退出後壹直使用的非必要梯隊青訓補血機制，從外省找“半成品”，重新加工。此外，在深圳，我們還攜手教練組中田凱威、王宏偉，以及前球員馬裏科特、季夫科維奇、陳永強等深圳自辦青少年足球培訓機構。5438年6月+10月，以深圳紅鉆U15至U17合作社青訓為名，在馬裏科特和季夫科維奇開始了培訓課程。