根據工作職責，市局相應設置內設機構、直屬機構和事業單位。珠海市國家稅務局內設機構13，正科級。
(1)辦公室
制定本系統年度工作計劃和相關工作制度；起草和審核重要文稿；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦稅務宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科學研究和學術交流。
(2)政策法規科
組織實施綜合稅收政策；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦局外綜合性稅收政策文件工作；承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；配合財政、審計等部門對稅務部門進行監督和審計；組織辦理全國人大代表的議案和建議以及CPPCC委員的提案。
(3)商品及服務稅科
組織實施增值稅、消費稅、營業稅和車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；負責增值稅專用發票的行政(政策)管理；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
(4)所得稅部分
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
(5)收入會計科
牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度免(免)稅轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用。
(6)納稅服務科(納稅服務中心)
組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅務糾紛的調解；負責12366熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的運營管理。
(7)收款管理科
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織實施綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等相關工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
(8)財務管理科
組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；承擔本系統的基本建設、資產管理、政府采購和著裝管理；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計；負責管理本機構的財務。
(9)人事科
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；辦理出國政審；制定年度檢查工作計劃，組織檢查工作。
(10)教育組
組織實施本系統的精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估。
(11)監督辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；監督檢查下級領導班子及其成員執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政建設的情況；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
(12)大企業與國際稅務管理科
承擔為大型企業提供納稅服務的工作；承擔大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查；承擔匯總納稅企業日常稅務檢查的相關工作。
承擔有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的具體實施；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統的外事工作；組織實施反避稅調查。
(13)進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；承辦出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；組織對進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合相關部門開展反騙稅工作。
機關黨委辦公室負責機關及直屬單位的黨群工作；承擔機關的思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；組織實施本系統的黨建和思想政治工作。
離退休幹部處承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統的離退休幹部工作。珠海市國稅局下設稽查局、車購稅征收管理分局、直屬稅務分局三個直屬機構。稽查局的級別為副處級，車輛購置稅征管分局和直屬稅務分局的級別為科級。還有三個跨地區的稽查局，級別是官方級別。
(1)檢驗局
組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查。
稽查局設八個內設機構(副廳級)，分別是:辦公室、綜合選案科、稽查壹科、稽查二科、稽查三科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
(2)車輛購置稅征收管理分局
組織實施車輛購置稅征收管理規章制度和規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常稽查和納稅服務；承擔車輛稅收的綜合管理工作；就各類車輛的最低應課稅價值提出建議；管理車輛購置稅票。
車輛購置稅征收管理分局設四個內設機構(股級)，分別是:辦公室、稅政股、稅源管理股、辦稅服務廳。
(3)直屬稅務局
承擔納稅申報審核、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務、催繳稅、壹般違法行為處理等工作。
稅務局直屬，內設7個機構(股級)，分別是:辦公室、稅收管理股、稅收征收管理股、辦稅服務廳、稅源管理壹股、稅源管理二股、稅源管理三股。
(4)第壹檢驗局
負責香洲區、高新區、直屬稅務局轄區內的稽查工作，業務上受市局稽查局指導；組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織、協調和監督稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和查處事宜，提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務稽查。
(5)第二檢驗局
負責萬山區、橫琴區、珠澳跨境工業區、保稅區的檢驗工作，業務上受市局稽查局指導；組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織、協調和監督稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和查處事宜，提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務稽查。
(6)第三檢驗局
負責鬥門區、金灣區、珠海港轄區內的查驗工作，業務上受市局稽查局指導；組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織、協調和監督稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和查處事宜，提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務稽查。
跨地區稽查局設7個內設機構(公司級)，分別為:辦公室、綜合選案股、稽查壹股、稽查二股、稽查三股、案件審理股、案件執行股。珠海市國家稅務局設正科級機構3個。
(1)信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本系統的信息安全管理和實施。
(2)代理服務中心
承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；參與機構後勤系統的改革；指導本系統後勤服務工作，負責機關安全保衛工作。？
(3)票務中心
承擔稅務憑證、增值稅專用發票和普通發票的管理工作。珠海各區國家稅務局是主管珠海各區國稅工作的職能部門，按行政區劃設置，分別為:橫琴新區國家稅務局、香洲區國家稅務局、鬥門區國家稅務局、金灣區國家稅務局、保稅區國家稅務局、萬山區國家稅務局、珠海高欄港經濟區國家稅務局、高新技術開發區國家稅務局、珠澳跨境工業區國家稅務局。