(1)辦公室。
綜合協調辦公室政務工作，制定辦公室各項工作制度；協調管理辦公室電子政務，負責報文處理、文件管理、新聞宣傳、期刊管理、政務公開和信息發布；安排和組織辦公室年度工作會議及其他綜合性會議；負責機關文秘、機要、政府信息和值班的日常運行；負責重大衛生政策、重要政務和領導交辦事項的監督檢查；負責機關、直屬單位和直屬單位的安全保密、綜合治理、計劃生育等工作，綜合協調安全生產監管工作；組織協調省人大代表建議和CPPCC委員提案的辦理工作；處理人民來信來訪，指導衛生系統信訪工作。
(2)人事部門(科技教育部門)。
制定全省衛生人才發展規劃和政策並組織實施；指導全省衛生機構人事制度改革，會同有關部門組織制定衛生機構編制標準和收入分配政策；負責機構編制、人事任免、工資福利、衛生管理幹部在職培訓、援疆援藏幹部、軍隊轉業幹部安置等工作；起草並組織實施加強部直屬單位領導班子和幹部隊伍建設的管理措施；負責全省衛生系統的表彰和獎勵工作；制定各類衛生專業技術人員的資格標準，承擔醫療衛生專業技術人員職稱的考試和評審工作；負責指導省級醫療衛生協會的業務工作。擬定全省醫藥衛生科技發展規劃；協調全省醫學科研項目管理和科技成果推廣應用；負責高新技術臨床試驗的監督管理；組織實施醫療衛生技術的標準研究和技術評價；承擔與人體健康相關的實驗室生物安全的監督管理；負責全省繼續醫學教育和畢業後醫學教育的組織管理；負責組織協調全省衛生專業技術崗位培訓；配合有關部門管理全省高等醫學教育自學考試；參與指導高、中等醫學教育工作；指導和協調健康科學普及工作。
(3)計劃財務部。
制定全省衛生事業中長期發展規劃和專業建設規劃，指導區域衛生規劃，統籌規劃和協調全省衛生資源配置；負責廳機關、廳直屬單位和廳直屬單位的規劃建設、財務和資產管理；對衛生服務價格提出建議；負責部門預算、中央和省級財政轉移支付資金、基礎設施投資等資金的安排和管理；制定衛生財務、會計和基礎設施管理的規章制度和標準並監督實施；擬定全省各類醫療衛生機構建設標準和規劃，指導全省醫療衛生機構基礎設施建設；負責全省大型醫用設備的配置，組織並監督衛生設備國家標準的實施；協調和監督國外衛生貸款在湖北的設立和實施；負責內部審計。
(4)政策法規與食品安全協調辦公室。
組織協調衛生法律、行政法規和衛生標準的制定和報送；負責部門規章和衛生執法中有關法律問題的解釋，衛生法制宣傳教育和執法人員培訓；負責綜合衛生政策研究，起草重要會議文件、講話材料和政策研究報告；制定全省衛生改革與發展的措施；承擔本機關規範性文件的審核工作；負責衛生行業的法律事務、行政復議和行政訴訟；指導和規範衛生行政執法；指導地方衛生政策、衛生法制和衛生標準。承擔食品安全綜合協調工作，組織重大食品安全事故的調查處理。
(5)疾病預防控制司(省衛生應急辦、省愛國衛生運動委員會辦公室)。
制定重大疾病、地方病、慢性非傳染性疾病和公共衛生相關疾病的防治規劃和全國無病預案並組織實施；制定全省疾病控制機構建設規劃和基層預防保護組織工作規範並組織實施；指導和協調全省公共衛生體系建設；承擔法定傳染病疫情報告管理工作。依法承擔突發公共衛生事件的應急處理工作；重大疫情和情況的監測和應急處理；組織制定突發公共衛生事件應急處理和緊急醫療救援的預案和計劃；建立和完善突發公共衛生事件的監測和預警系統；負責衛生應急隊伍的管理和培訓；指導各地實施突發公共衛生事件應急預案，幫助和指導各地應對其他突發事件；組織搶險救災、反恐、中毒、輻射事故等重大安全事件中涉及公共衛生問題的應急醫療救援工作；組織協調全省重大項目和重大活動的衛生防病保障和衛生應急處置工作。承擔省愛國衛生運動委員會的具體工作，負責農村改廁和農村飲水安全工程的水質監測；負責組織、協調、督促有關部門開展愛國衛生運動，擬定全省愛國衛生運動計劃和標準並組織實施；負責衛生城市、衛生鄉鎮、衛生村和衛生先進單位的建設和考核；指導開展病蟲害防治活動。承擔省艾滋病防治工作委員會的具體工作。
(6)農村衛生管理辦公室。
擬訂全省農村衛生發展規劃，提出相關政策建議，承擔農村基本醫療衛生和新型農村合作醫療綜合管理工作，制定相關政策、規劃並組織實施；參與規劃和指導全省農村衛生服務體系建設和鄉村醫生管理工作；收集和分析農民健康信息，檢查農村重要衛生政策的落實情況；會同有關部門制定涉及公共衛生、基本醫療和人員培訓的計劃，並指導實施。
(7)婦幼保健與社區衛生科。
擬訂全省婦幼衛生、社區衛生和健康教育發展規劃和政策措施，依法組織管理婚前醫學檢查、健康指導和健康咨詢；依法監督管理婦幼保健、生殖健康和計劃生育服務專項技術，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作；指導和協調全省婦幼保健服務機構的建設和業務工作；配合有關部門制定計劃生育技術衛生標準和業務指導；規劃和指導城市社區衛生服務體系建設。
(八)醫療服務監督處(湖北省國防動員委員會醫療衛生辦公室)。
制定有關醫療機構、血站和醫務人員管理的法律、法規、規章和政策並組織實施；制定全省醫療機構發展規劃和管理辦法；負責醫療機構設置的審批和執業許可證的登記；監督執行國家醫療機構技術標準、醫務人員職業道德和服務規範；擬定護理管理的法律、法規、標準和政策並指導實施，擬定臨床重點專科建設的規劃、標準和政策並指導實施；負責臨床藥學的管理；組織全省重大醫療事故和醫療糾紛的調查處理；指導和協調全省醫療救治體系建設；依法監督管理全省采供血工作；負責全省臨床檢驗工作。承擔醫療機構醫療質量和服務質量的監督管理。組織制定醫療機構醫療服務監督管理的措施和實施方案並組織實施；制定醫療機構醫療質量評價和監督制度，組織醫療質量、安全、服務、財務監督和評價工作；承擔推進公立醫院管理體制改革的任務；負責全省醫療廣告前置審批。承擔國防醫療動員工作。
(九)基本藥物管理辦公室(省醫藥管理委員會辦公室)。
貫徹國家基本藥物制度和政策；擬定全省基本藥物采購、配送和使用的政策措施；會同有關方面提出鼓勵和支持本省基本藥物目錄內藥品生產的政策；對全省基本藥物價格政策提出建議；會同有關部門做好基本藥物招標采購工作，負責組織對基本藥物制度實施情況的監測。負責省直單位公費醫療的監督管理，配合有關部門做好城鎮職工基本醫療保險制度改革工作。
(10)中藥管理局(湖北省外用中藥管理局名稱)。
制定全省中醫藥發展規劃並組織實施；制定全省中醫工作的管理辦法、規章制度和技術標準，指導全省中醫醫療機構改革；指導全省重點中醫醫院和中醫藥服務體系建設，負責中醫機構考試、執業註冊和業務指導，會同有關部門實施中醫執業資格許可制度；組織制定中醫從業人員職業道德規範；負責全省中醫藥、民族醫藥和中西醫結合的科研工作。
(11)對外交流與合作辦公室。
組織和指導全省醫療衛生領域政府與民間的雙邊和多邊對外合作與交流，組織和參與國際組織倡導的重大衛生相關活動；組織和協調與世界衛生組織和其他國際組織在醫療衛生領域的交流與合作；負責組織和管理對外醫療技術和勞務輸出與合作；負責援外醫療隊的組建、培訓、派遣和境外聯絡管理；負責機關及直屬單位各類人員的出國(境)手續。
(十二)省血防領導小組辦公室。
擬定全省血吸蟲病防治政策和法規；制定全省血吸蟲病防治中長期和年度規劃並組織實施；協調有關部門開展血吸蟲病綜合防治工作，監督和指導各市州血吸蟲病綜合治理和科學防治工作；組織對達到消除或控制血吸蟲病標準的縣(市、區)進行評估和鑒定，管理血吸蟲病防治監測工作。
(十三)省衛生委員會辦公室。
負責中央領導在湖北的醫療和省衛健委確定的保健對象的醫療；負責全省重大會議和活動的醫療衛生保健工作；負責在華高級外賓和高級專家的醫療安排；負責省直機關事業單位副廳級以上幹部的醫療保健工作；定期組織省級保健對象及相關人員體檢，負責辦理省級保健對象體檢證明和轉診手續。
機關黨委負責本部門、機關和直屬單位的黨群工作。設立機關黨委辦公室，承擔機關黨委的日常工作。
紀檢監察機構按照有關規定設置。
離退休幹部處負責辦公室的離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。