除了位於德國海德堡的總部之外，EMBL在歐洲還有幾家分公司:英國的辛克斯頓、法國的格勒諾布爾、德國的漢堡和意大利的蒙特羅通多。其中，英國生物信息研究所EBI(歐洲生物信息研究所)在1982建立了高級核苷酸序列數據庫(EMBL-DNA)，可用於核苷酸序列檢索和序列相似性查詢。該數據庫與美國的GenBank和日本的DDBJ***壹起構成了壹個全球性的國際DNA數據庫。近年來，數據庫發展迅速，數據量呈指數級增長。憑借開放和創新的良好學術氛圍，EMBL已經發展成為歐洲最重要和最核心的分子生物學基礎研究和教育培訓機構。
EMBL取得了許多重大的科學進展，其中Forhad和Eric Wieschaus首次對果蠅的胚胎發育進行了系統的遺傳分析。基於這項工作，他們和美國遺傳學家愛德華·B·劉易斯獲得了1995諾貝爾生理學/醫學獎。三位科學家對發育遺傳學的研究，對於敲開人類發育的遺傳秘密之門，並將其應用於人類疾病的診斷具有重要意義。